Есть подозрение, что некоторые государства (как и Германия) проглядели этот момент. Тогда выданная BC будет противоречить директиве, но соответствовать национальному законодательству и ей можно будет пользоваться пока не спохватятся?

Ну на практике, конечно, такого развития событий исключать не стоит, правда, последствия такого пользования могут быть разные в зависимости от законодательства конкретного государства.

Единственное, что портит картину сейчас - это "Gultig bis / Kartennutzung bis" даты окончания паспорта в Anmerkungen на eAT.
Я тут полазил по старым темам и составил для себя небольшое резюме на эту тему. Не поправите меня, если я что-то упустил?
Привязка карты eAT к паспорту и его сроку действия не прописана в законодательстве. Теоретически можно продолжать пользоваться карточкой после истечения ее "срока действия" и/или при смене паспорта.

Да, по крайней мере, пользоваться карточкой в таком случае можно будет как физическим доказательством наличия ВНЖ, но не для онлайн-аутентификации.

На практике, поскольку дата из поля Kartennutzung заносится в MRZ (Date of expiry of the document), возможны вопросы со стороны пограничников (особенно за пределами Германии) и сотрудников авиакомпании на посадке.

Да.

Можно оспорить наличие этой строчки в АБХ и обязать их ее убрать.

Оспорить можно, но стопроцентной гарантии выигрыша нет, особенно в тех случаях, когда функция онлайн-аутентификации не была деактивирована. В случае же деактивированной функции онлайн-аутентификации шансы на выигрыш в суде значительно возрастают.

Но даже в этом случае в MRZ будет записан срок technische Kartennutzungsdauer, который составляет 10 лет со дня выдачи ВНЖ (вроде §78 AufenthG?).

Зависит от исковых требований и точки зрения суда. Если сравнивать Kartennutzungsdauer видов на жительства и немецких Personalausweise, а также принимать во внимание рекомендации (не предписания!) ICAO, то логично было бы выпускать еАТ бессрочных ВНЖ со десятилетним сроком Kartennutzungsdauer.