При этом, срок действия BK у них в системе, каким-то образом увеличился на 1 год относительно того, что был в прошлом ZB. Не знаю как так

Вы же в 2017(?) году подавали заявление на продление ВС. Сколько времени на тот момент действовал Ваш трудовой договор?

1) Такая позиция АБХ уже упоминалась artjomusp и dimafogo здесь и здесь. На что сделать упор, чтобы разъяснить им их неправоту?Пока сформулировал как-то так: согласно Art 17 и §59 Abs. 3 примечание получают владельцы BK (Den Inhabern.../Bei Inhabern der Blauen Karte EU...).Я таким владельцем являлся на момент выдачи DA-EU и являюсь до сих пор. Ограничение на одновременное обладание BK и DA-EU с примечанием не существует.Требую добавить примечание + BK в ZB или выдать письменный отказ со ссылкой на законодательство.

Да, можете так написать. В последней фразе не пишите пока о письменном отказе со ссылкой на законодательство. Кстати, когда Вы получали на руки DA-EU, АВН выдало Вам бумагу с Rechtsbehelfsbelehrung?

И напомните, в какой земле происходит Ваша история?

2) Правильно ли я понимаю, что нет разницы, где находится примечание "Ehem. Inh. ..." на самом eAT или на ZB?

Правильно.

3) Стало любопытно, имеет ли АБХ право вносить примечание "Ehem. Inh. ..." в DA-EU не в момент выдачи, а позже?

Что значит позже? Они его должны внести автоматически при изготовлении DA-EU, если это предписано законом. Если они его вопреки закону не внесли, значит, нужно это решение АВН оспорить. Физически изменить примечания к ВНЖ АВН, разумеется, может в любое время, поменяв ZB или перевыпустив еАТ.