Вроде бы я примерно то же самое сказал чуть выше.

Ну вот для всяких вариантов вроде и делается бекап - причем, бекап, который делаешь не сам, не дает 100 % уверенности, такой, как можешь дать себе сам, если во всем разберешься, конечно. И, как грится, лишний ... ... не помеха..А если у тебя где-то лежит копия без всяких внешних изменений, я уж не говорю про вирусы, и ты продолжаешь складывать туда только изменяемые директории, то каким образом "он будет с тем же вирусом?" и "А замен ломанного сайта на бакап, не дас гарантии, что бакап уже не был со сломанным двигом."? Это только если разве каждый раз весь сайт целиком снимать, при этом держать только одну единственную копию, и при следующем бекапе предыдущий удалять..но это было бы глупо и это никто не советует.
А вот на случай, если базу хакнут, инъекция там или еще что, то я держу всегда 3-4 последних дампа, как раз на такой случай, если что, всегда можно выйти с минимальными потерями..