Определение национальности по отцу это устоявшееся правило патриархальных идей. Которое до сих пор существует в головах сотрудников государственных органов. Сталкивался лично.

Сложность однако состоит в том, что формально было право выбора, но действительно его могли на местах не давать.
Мой дед например покинул семью когда отцу было 4 года. И воспитывали отца фактически его мама и бабушка. Общения с дедом нет ни у меня ни отца и по сути не было. Но национальность у моего отца стояла от деда и я очень сомневаюсь что он ее выбирал лично.
Логика такого определения национальности такая же как и логика фамилии по отцу, власти от отца к сыну, или даже существование такой вещи как отчество в РФ в принципе.

Я не оспариваю патриальхальные устои в СССР среди обычного межличностного общения. Но ЗАГС это государственное учереждение работающие по законам.

Они могли конечно не поспевать за изменением закона по ленности своей, но пользоваться "традициями" они не могли. Любой сотрудник загса проходит обучение перед приёмом на работу.