* если я везде указываю мой израильский паспорт как главное средство идентификации, могу ли я убрать отчество из графы имя или для этого нужно отказываться от отчества?

где убрать? Из прав? можете затребовать новые если это вас так напрягает

Чем череват отказ от гражданства если я остаюсь в Германии, выхожу замуж, рожаю детей?

сначала нужно остаться, а потом отказ. Но просто отказа не бывает. Сначала нужно будет получить согласие на приём в немецкое, а потом отказаться от обоих гражданств. Трудно сказать чем для вас это чревато. Родственники рассердятся?

* если "это на всю жизнь", значит ли это, что мое полное имя-отчество будет теперь в графе имя на всех моих официальных документах в Германии?

почему на всю жизнь? Ваше право отказаться

* должна ли я теперь идти менять мой ВНЖ?

зачем?

* В университеты здесь я записывалась с израильским дипломом, соответственно во всех подтверждениях о принятии (Цулассунг) я записана без отчества - а их я должна буду предьявлять для получения студенческого ВНЖ - будет ли с этим проблема, если отчество остается.

нет

Есть ли какая-либо возможность эту ситуацию изменить и записываться только с именем? Как часть своего имени отчество я не воспринимаю и мне очень мешает, что отчество записывается как часть моего имени в графе имя.

записывайтесь только с именем

всем по барабану ваши страдания по этому поводу