Всё здесь Вами написанное - это отдельные милые теории, несоединяющиеся в единую цепь, поскольку Биологическая систематика носит предположительный и постоянно меняющийся характер. С ходом расшифровки генома и картированием участков и функций окончательно ясно, что филогенетические связи устанавливаются не столько по максимальному числу сходств, а в огромной степени по сходству ген-регуляторов и уровня экспрессии. Т.е. Ваш первый пункт можно принять только условно, равно как и понятие Вида и Подвида так же расплывчато.
Пункт 5 Биогенетический закон не признаётся биологической наукой. Он был научно дискредитирован раньше, чем был предложен.
Но дело не в этом.
Существует более существенные претензии к дарвиновской эволюции, которые она не в состоянии разрешить.
1. Различные типы многоклеточных организмов во множестве «вдруг» появляются сразу, причем в необыкновенном изобилии и разнообразии в Кембрийский период. Причём одновременно появляются все существующие сегодня типы многоклеточных животных с громадным разнообразием тканей, органов и систем органов. Ещё более удивительно - все эти группы найдены во всем кембрийском слое, т.е. возникали они не постепенно в течении 50 млн. лет Кембрийского периода, а сразу, одновременно.
С тех пор за более чем 500 млн. лет на Земле не появилось ни одного нового типа (принципиально иного строения тела) животных.
2. Не существует корреляции между количеством генов и сложностью организма. От плоских червей и до человека, находящиеся на гигантском эволюционном расстоянии, содержат сходное количество генов – (примерно 17 тыс. у червя, 14 тыс. у мухи и 22 тыс. у человека).
Совсем другая картина наблюдается при переходе от одноклеточных к многоклеточным. Он нёс в себе существенные изменения в генах (появилось множество принципиально новых генов).
Разница между геномами различных многоклеточных, хотя эволюционное расстояние между ними огромно - ничтожна., особенно учитывая что гены дуплицировались, изменялись, но принципиально новые гены не появились.
Например геномы примитивнейших кишечнополостных несут удивительно развитые системы регуляторных генов. У человека эти системы генов нужны для различных программ эмбрионального развития, но что эти гены делают у кораллов и медуз – абсолютно непонятно и необъяснимо с точки зрения дарвиновской концепции.
Тот же необъяснимый факт наличия чрезвычайно сложных органов зрения у некоторых медуз. У Tripedalia cystophora глаза очень сложны, они обладают хрусталиком и сетчаткой, и в целом чрезвычайно похожи на глаза млекопитающих. Поле зрения составляет почти 360 градусов, но медуза неспособна сфокусировать взгляд на окружающих объектах, т.к. хотя хрусталик очень совершенен и способен создавать четкое изображение, его фокусное расстояние очень велико, так что зрительный образ располагается вне сетчатки (которая, соответственно, не может его воспринять). Таким образом, видеть объекты медуза не может, она может видеть лишь тени. Более того, реально зрение требовало бы активного участия головного мозга, который вообще отсутствует у медуз.
У кишечнополостных также присутствует ген Pax6, который нужен для развития глаз у млекопитающих и у насекомых (у самих кишечнополостных глаз нет).
Этот избыток попросту необъясним теорией эволюции.
3. Различные типы беспозвоночных – кишечнополостные, членистоногие, моллюски, иглокожие – весьма существенно отличаются друг от друга планами строения тела; при этом связующие звенья между ними напрочь отсутствуют, и ни один класс ископаемых беспозвоночных не связан с другим какими бы то ни было промежуточными формами. Если бы, как утверждает Дарвин, эволюция происходила путем случайных небольших изменений – то переходные формы кембрийских существ должны были бы рождаться и умирать миллиардами. Однако, ничего подобного не наблюдается в палеонтологических коллекциях.
Таким образом, одновременное появление всех существующих типов указывает на то что идея Дарвина о том, что более сложные типы организмов развились из более простых путем многошагового постепенного усложнения, – не имеет подтверждения в палеонтологии, несмотря на огромное количество уже найденых ископаемых.
Палеонтологические находки не дают никакой возможности объяснить процесс возникновения происхождения новых типов многоклеточных организмов.
4. Роль генов-регуляторов и наличие "генного балласта" в "Дарвиновскую теорию" невписываются полностью. В то время как генные мутации, вызванные внешними факторами - или бесполезны или вредны, ген-регуляторы "вытаскивают" из считавшегося долгое время абсолютно ненужным "генного балласта" необходимые элементы и встраивают в участки, требующие изменения при изменении окружающей среды. Этот факт полностью противоречит дарвиновскому принципу проб и ошибок.
Более того, в сочетании с принципиальной неспособностью (и даже враждебностью) эукариотов принять материал извне, наводит на мысль о заведомом запрограммировании возможных действий при изменениях, и даже - возможных измененях.
5. Общий план развития организма на анатомическом и генетическом уровне аналогичен у всех типов животных. Однако, согласно Дарвину, построение эволюционного древа по данным зоологии точно предполагает, что существуют, несколько разных основных веток эволюции.
Программы развития морфологически отличных, но функционально сходных органов, – включаются одним и тем же способом. Трудно представить себе, как вообще можно было бы объяснить этот факт в рамках концепции дарвинизма. Один и тот же ген FoxP2 является ключевым компонентом как певческих способностей у птиц, так и формирования речи у человека. Особенность (и подобие) человеческой речи и пения птиц состоит в том, что обе эти функции обучаемы (и если он поврежден, то данная особь – не обучаема). Этот же ген найден и у многих других животных, включая крокодилов. Однако у поющих птиц и у человека этот ген активно включается в определенной зоне мозга, зоне Брока, в то время как у неговорящих и непоющих животных этот ген хотя и имеется, выключен. Интересно, что ни у общих предков, ни даже у близких видов, никакой похожей функции не существует.
Последовательность Hox-генов на хромосоме в точности соответствует порядку развития сегментов, которые они кодируют (т.е. они выстроены на хромосоме в точном порядке «от головы до хвоста» животного). Такая система расположения генов в хромосоме никак не объясняется концепцией Дарвина, в представлении которой различные элементы возникали в случайной последовательности. Более того, эта последовательность не следует ни из каких известных соображений строения хромосом и генетики вообще.
Восемь генов этой группы, имеющихся у дрозофил, расположены в одной из хромосом друг за другом, последовательно. Так же последовательно они и работают: первый по счету ген дает команду на построение головы, второй приказывает строить следующий сегмент тела вдоль его оси и так далее, до хвоста. У дрозофилы всего восемь hox генов; у млекопитающих, например, их 38. Но все эти 38 генов являются лишь слегка измененными дубликатами восьми первичных. Что же касается самих этих восьми первичных генов, то они оказались сходными у всех современных типов организмов - от млекопитающих до насекомых - определяющих самые общие принципы телесного строения всех современных организмов
Гены группы hox, сходные у всех современных организмов, восходят к общим предкам этих организмов, возникшим примерно 565 миллионов лет тому назад, то есть относятся к кембрийскому эволюционному взрыву, и далее не менялись, включая лишь в программу каждого вида различные элементы, формирующие этот вид из резерва "генного балласта".
Дарвиновская теория постепенной эволюции неспособна ответить на эти факты. Но из этих - же фактов очевидно, что на момент формирования, организмы получили некий «универсальный геном» со всеми возможными инструкциями о дальнейшем поведении. Было ли это «актом Творения» или вмешательством какой-то другой, внешней по отношению к нашей жизни на земле Силы, но не представляется возможным объяснить существующие факты как естественный процесс.
Нет никакого противоречия в утверждении, что все многоклеточные организмы, относящиеся к различным типам, обладали универсальным геномом. Все эти группы появились одновременно (Кембрийский взрыв в палеонтологии), и поэтому геномы различных многоклеточных так похожи. В универсальном геноме была записана информация об устройстве всех основных сегментов и систем органов у всех типов животных. Тем самым, организм, принадлежащий к каждому из типов, имел в своих генах информацию о развитии любого другого типа. Однако в одних организмах включались одни программы развития, а в других – другие. Эта разница во включении программ определила то, что одни животные стали червями, а другие хордовыми. Другими словами, то, что черви не обладают сердцем, легкими и мозгом не потому, что этого нет в их геноме – но из-за того, что требующиеся для этого эмбриональные программы не «включаются» у них – несмотря на то, что код этих программ закодированы в их геноме.
Это не означает, что исходные программы кембрийского периода полностью соответствуют существующим сегодня. Программы развития в универсальном геноме могли изменяться, при этом они могли как локально улучшаться, так и что-то терять. Более того, локальные улучшения могли происходить даже и в соответствии с концепцией Дарвина, т.е. «небольших случайных изменений и закрепление полезных из них» – однако, это касается только деталей, и «доводка» происходит после того, как все основные органы уже существуют (или, иначе говоря, после того, как с самого начала базовая информация об устройстве основных систем была заложена в организмы).
Как известно, у примитивных организмов часто не находят определенных генов, присутствующих у более развитых форм.
Учитывая, что со времени возникновения «универсального генома» прошло примерно 550 млн. лет, и многие системы терялись в результате неиспользования, в геномах современных примитивных организмах можно ожидать найти лишь немногие из сложных программ, и, возможно, лишь их осколки – но они непременно должны там быть.
Эти исследования уже проводятся, и на примере медузы семейства Cubozoa её феномен легко объясним: программа развития глаза уже существовала у медуз и могла в результате мутации случайно включиться у вида, которому она не предназначена.
У кишечнополостных также присутствует ген Pax6, который нужен для развития глаз у млекопитающих и у насекомых (у самих кишечнополостных глаз нет).
Это ответ на Ваш вопрос почему верующие не верят в Дарвиновскую эволюцию.
И видимо - почему атеисты в неё безоговорочно верят.

http://www.landesbioscience.com/journals/cc/article/4557/
http://www.landesbioscience.com/journals/cc/shermanCC6-15.pdf