Этот момент уже обсуждался на форуме, но судя по указаниям BMI, в таком случае привязку ставят снова на два года:

Хотя вопрос спорный, да.

Можете обратиться в АВН, объяснить им ситуацию, упомянув договорённость между университетами, и попросить добавить в исключения ещё и второй универ.

Нет. Это значит, что не засчитываются виды деятельности, максимальный срок которых которых изначально ограничен законом (например, Au-pair - 1 год). Ограниченные по сроку трудовые контракты к ним не относятся.
*UPD*
Не совсем в тему, но напишу, раз уж вспомнил. Вы тут как-то писали о том, что хотели получить немецкое гражданство, не отказываясь при этом от российского. Причины, приведённые Вами в той теме, не являются уважительными. Но недавно в BaWü вступила в силу новая Verwaltungsvоrschrift zum StAG, по которой можно попробовать оставить гражданство России на основании правопритязания на российскую пенсию и/или иных финансовых потерь, связанных с выходом из прежнего гражданства, на сумму, которая превышает средний годовой доход иностранца (пункты 12.1.2.5.2 и 12.1.2.5.3). Почитайте, может, чего полезного найдёте...
*UPD 2*
Насчёт привязки к работодателю можно ещё сделать так. Учитывая недавнее решение BVerwG, можно параллельно к ВС получить беспривязочный АЕ §18 (см. здесь) на основании §9 BeschV. Заплатить придётся и за продление ВС, и за выдачу АЕ, но, как по мне, оно того стоит.