Израил. диплом в Германии

Боюсь, что у вас проблема. Как вы правильно заметили, при подаче документов факт того, что вы в свое время эмигрировали в Израиль, является основанием для отказа. Об этом много сказано и в форумах и в рубрике "Право" на этом сайте. Однако, как я слышал, сейчас при приеме документов не удовлетворяются лишь словами заявителя о том, что он не проживал в третьих странах, а требуют справки из посольства Израиля, что человек дествительно там не проживал. И если это так, то путь в Германию в качестве контингентного беженца вам закрыт. Но приехать в Германию вы можете, найдя здесь работу (что, увы, на сегодняшний день нелегко). И уже имея временный вид на жительство и разрешение на работу, здесь, на месте вы сможете искать пути получения постоянного вида на жительство.
Но все-же, если вам удастся получить разрешение на въезд в качестве контингентного беженца, то в официальных органах разумеется свой диплом "светить" не стоит, но при поиске работы и общении с работодателем в принципе вы вполне можете сослаться на диплом и опыт работы.
В любом случае желаю удачи.