Как я понял, первый вариант самый простой, но получим ли мы гражданство Германии по прошествии, являясь также гражданами Украины/имея украинские паспорта? Какие еще неприятные приключения нас ждут в данном случае и/или как их избежать?

Как в первом так и во втором случае вы остаетесь гражданами Украины (во втором только с заграном на руках). Для получения гражданства Германии, когда прийдет время, вам, скорее всего, прийдется выходить из украинского. В первом случае, для этого прийдется сначала оформить выезд на ПМЖ и сдать внутренний паспорт (т.е. все что вы описали про ДМСУ и военкомат прийдется делать оттуда через посольство). Мой вам совет, если вам не припекло и у вас есть 3-4 месяца, оформите выезд на ПМЖ, будучи еще в Украине. Процедура эта не меняется годами, подойдите в отделение ДМС и вам там все расскажут. Трудности у вас все равно будут свои, универсального "рецепта" нет. Помните только, что почти везде можно договорится, чтобы было по-быстрее. А так, вы оба варианта правильно описали.