27 января 1994 года Литва начала сотрудничество с NATO по программе «Партнёрство ради мира», которое продолжалось до вступление в NATO в марте 2004 года. В 1994 году Литва приняла участие в миротворческой операции NATO на территории Боснии, 17 апреля 1996 года здесь погиб 1 военнослужащий Литвы^[3]. В 1999 году Литва присоединилась к миротворческой операции NATO на территории Косово, в начале июля 2009 контингент был выведен. Всего, в течение десяти лет в состав сил KFOR были направлены около 900 военнослужащих, большинство из них проходили службу в составе польско-украинского батальона^[4].

В 2000 году правительство Литвы приняло решение об увеличении численности вооружённых сил с 11,5 тыс. до 13 тыс. военнослужащих^[5].

В 2002 году началось участие Литвы в военной операции NATO в Афганистане^[6]. Потери литовского контингента в Афганистане составляют 1 военнослужащего убитым и не менее 13 ранеными. Кроме того, после нападения 22 мая 2008 года на литовское подразделение, в ходе которого был убит 1 и ранены 2 литовских солдат^[7], ещё трое литовских солдат отказались продолжать военную службу в Афганистане и в июне 2008 года были отправлены обратно в Литву^[8].

В апреле 2003 года Литва направила в Ирак первых 14 военнослужащих, позднее численность литовского контингента была увеличена до 130 военнослужащих. В 2008 году литовский контингент был выведен из Ирака^[9]. Кроме того, в феврале 2005 года Литва начала участвовать в обучающей миссии НАТО в Ираке (NTM-I), которая продолжалась до декабря 2011 года. Всего, в обучающей миссии NATO участвовали 39 литовских военных, которые обучали младший офицерский состав вооружённых сил Ирака и служили в штабах NTM-I. В общей сложности, в Ираке служили более 900 литовских военных^[10].