Да, этот момент я упустил на ночь глядя. Поменяв фамилию в браке, проблем себе Вы добавили...
Что тут скажешь? Надо было сразу после оформления брака заехать ненадолго в Украину, обменять паспорт как положено в течение месяца, пока забот особых не было. Но теперь уже поздно пить боржоми... Ждите пока ребенок подрастет, когда можно будет с ним ездить. Вам к спеху это гражданство?

Ну, это не обязательно, а как пожелаете.
Хотите вписывайте, хотите нет. У Вас ведь ребенок еще и немец, а не только украинец.

Если Вам в Украину так и так придется ехать, то нафик они Вам облокотились со своим обменом? Там же сразу и загран обменяете, если считаете нужным его обменивать.

И это можно в Украине сделать. Там проблем будет меньше со сдачей внутреннего паспорта.
А можно и в консульстве, хоть и не так быстро.

Ну это понятно.
Таков украинский закон.

А раньше где были зарегистрированы в Украине?

Это хуже.
На них можно было бы взвалить часть Ваших забот.

Поменяют.
В Украине прописки ни у кого нет. И всем меняют.
Приедете в Киев... Придете в отдел ГІРФО на бульваре Т. Шевченко...
Или по месту прежнего жительства... В общем зарегистрируетесь по месту пребывания. Где Вам удобнее.
И решите свою проблему.