Позже, уже в браке были ещё дети (родной брат мамы живет сейчас в Германии, уезжал по ПП в 1996 году).

На мой взгляд, поможет только ДНК-тест с этим братом. Если родство брата с отцом не вызывает сомнений (у него есть первичное СОР, где изначально записан отец или он возьмёт справку в ЗАГСе об изменениях или даже копию актовой записи) и тест докажет, что Ваша мама и он родные по отцу, то шанс есть.

Сейчас хотим подать в суд на установление факта признания отцовства(есть свидетели со стороны отца что признавал себя отцом при жизни, есть выписки из домовой книги что перед смертью так же проживал с моей мамой, совместные фото) и внести изменения в СОР,

На решение суда я бы надежды не возлагала. Одного решения суда точно не будет достаточно.

нужно ли собирать весь комплект документов по предкам, или достаточно указать номер дела брата который в Германии?

Нужно собирать весь комплект документов заново, т.к. у Вашей мамы с братом может не быть в этих комплектах ни одного общего документа, в 1996 году и ранее брату было достаточно своего паспорта с немецкой национальностью, чтоб получить АВ, сегодня этого мало.

Дед какого года рождения?