В этом нет никакой магии. Скорее всего, на мониторе были показаны даты Ваших последних въездов-выездов из РФ, и по ним было очевидно, что бОльшую часть времени Вы проводите за рубежом. А про Германию - скорее всего, это Вы сами отвечали пограничникам (или он это видел на посадочном талоне), и это также внесли в базу.
Но суть в том, что раз Вы постоянно проживаете за рубежом - от обязанности уведомления Вы освобождены. Так что вполне могли не делать этого. Впрочем, теоретически эта информация может доходить до налоговой и от пограничников.
Выше другой участник написал, что выявлением нерезидентов налоговая не занимается. Да, наверно такой проблемы не возникло бы, но то, что этого не происходило в прошлом, не гарантирует, что ситуация не изменится в ближайшие 3 года (срок давности по налогам). Понятно, что в РФ ежегодно проходят миллионы сделок с недвижимостью и проверять всех продавцов на резидентство довольно трудно. Но это было верно только, пока Вы сами не сделали самодонос в ФМС, чего делать были не обязаны. Сопоставить этот, относительно небольшой реестр со сделками уже гораздо легче. И в худшем случае тут можно попасть даже под уголовную статью за уклонение от налогов в крупном размере - и к этому (в отличие от гипотетического уголовного приговора по недоносительству на имеющийся ВНЖ) в европейской стране могут отнести очень серьезно.