Я же уже - жирным шрифтом - написал, в чём проблема с этими спец. программами управления вводом кириллицы (не отсябятина, а по читанному на форумах), и Вы только это подтверждаете своим ответом:
если кто (вот как Вы) уже много лет пользуется такой программой, то и хорошо, никто НЕ предлагает таким людям переучиваться на Фонетическую, хотя она и логичнее, так как это 'родной' системный ввод.
Такой человек (как Вы) привык к Правилам своей спец. программы (например, нельзя привычное для 'латинщика' sch для 'щ', ...) и Исключениям - он на автомате применяет - да применяет таки! - правило временных интервалов, чтобы не получить скажем "раён" из "rajon" - повременить между 'j' и 'o' - сами же написали, что таково Правило.
Но вот в качестве совета человеку, который ещё только ищет методы ввода в режиме "нажал F - получил Ф, А-А,..." это НЕлогично, звучит как


Транслитные сочетания были в прошлом веке часто востребованы )когда не у всех был свой компьютер, плюс его настроить на системный ввод кириллциы было непросто), устарели они -
так как это НЕобычный метод ввода - никто же так по-немецки или по-гречески не пишет - с программами 'угадывающего перекодирования сочетаний'!
Так что фраза,
"фонетическая раскладка не поддерживает транслитных сочетаний"
звучит именно как
"автомобиль не так управляется, как телега" -
да, не так, но зачем советовать средства прошлого века современному человеку?
Пожалуйста, поймите разницу между современным пользователем и теми, кто многие годы транслитом/латиницей писал, с 90-х -
посмотрите (совсем короткая страница!) сколько жалоб от современных пользователей -
НЕ знакомых с 'ездой на телеге':
............................... Жалобы: http://cvt.WinRus.com

*************
Тут ведь такое дело (Вы об этом НЕ пишете, но это только потому, что за годы привычки не осознаете, а я знаю точно - по жалобам НЕпривычных, как в ссылке выше), что человеку, выбирающему метод ввода в режиме 'немецкой клавиатуры' в любом случае (фонетическая раскладка или перекодировщик транслита) придётся кое-что "осваивать":
1. в случае фонетической раскладки - запомнить (один раз) расположение шести (из 33-х!) букв - что например, 'я' получается нажатием на 'q', и т.п. для ж/ш/щ/ю,
2. в случае перекодировщика сочетаний транслита (как та спец. программа) надо:
(а) запомнить (тоже один раз) сочетания, которых нет при латинице/транслите, например, что нельзя обычное для латиницы 'sch' для 'щ',,,
то есть, один раз запомнить 'Правила правильных сочетаний'

(б) затем постоянно (а не один раз) при вводе текста оценивать тип слова, чтобы не пропустить слова, которые не получаются при следовании этим самым 'Правила правильных сочетаний' .
То есть, надо например отличать использование 'j' для русской 'й':
(1) в словах типа 'Pojti' спокойно её используешь
(2) а вот слова типа 'rajon' - нет, нельзя тупо 'j' использовать для 'й', надо успеть 'оценить' что это Исключение из Правил и требуются спец. обходные манёвры:
- в Вашей программе - применить 'временной интервал', то есть, приостановиться после нажатия 'j'; на translit.ru - поставить '+' после 'j'
(автор translit.ru сам описывает такие Исключения из его же собственных Правил: http://translit.ru/help/faq/#question11 )
То есть, надо (надо таки!) постоянно при вводе 'оценивать' слова, чтобы не упустить те, где сочетания не работают по Правилам этой же самой программы и требуют обходных путей. А иначе, если не уловил что это такое слово, то плохую кириллицу получишь - как по ссылке "Жалобы" выше и видно на примерах.
**********************
То есть, человеку, который ещё только выбирает метод ввода в режиме "по-русски - нажимая на немецкие буквы", так и так придётся что-то осваивать и к чему-то привыкать, какой бы метод он не выбрал - фонетическую раскладку для "RU" или спец. программу управления вводом.
Но раз так, то здравый смысл подсказывает, что тогда уж лучше привыкнуть к Фонетической раскладке
(и это подтверждает огромная разница в числе тех, кто выбрал Фонетическую и тех, кто установил спец. программу типа CrazyKeys) -
ведь тогда человек будет обычным образом писать по-русски, как все остальные люди пишут (на греческом, чешском, немецком, английском) - с системной клавиатурой.
Ну никак нельзя сравнивать обычный ввод - системный (как на всех компьютерах - Windows, Linux, Мак - люди пишут по-русски, по-немецки, по-чешски), с очень НЕобычным - с программой 'угадывания сочетаний транслита'.
Это очевидно для большинства, простая ведь логика - тем более что уже лет 10 как сами системы (Windows, Linux, Мак) предлагают штатные методы создания альтернативных раскладок, в том числе Фонетической.
То есть, логичнее на автомобиле научиться ездить, чем к телеге привыкать
Не говоря уже о том, что при Фонетической раскладке НЕ бывает 'ошибок угадывания', приводящих к 'плохой кириллице' как в примерах жалоб по ссылке выше.
*************
Насчёт Вашего

Во-первых (и это огромное отличие современности от тех времён, когда транслит был широко востребован) сейчас, в отличие от 1998-2001 годов, практически у каждого есть свой компьютер дома, и в основном люди именно с него по-русски пишут.
Во-вторых, опять же нелогично НЕудобным способом вводить дома - НЕобычным - только ради того, чтобы таким же образом вводить (что случается намного реже) вне дома. То есть (читал много раз на форумах 'наших' в разных странах) нелогично и странно у себя дома сидеть каждый день за столом в костюме и удушающем галстуке только потому, что вне дома приходится именно так одеваться

В третьих, с Фонетической раскладкой можно и вне дома писать - например, на Виртуальной Клавиатуре "ввод как дома":
......................... http://porusski.net
О чём кстати написано на упомянутой вчера странице про Фонетическую раскладку для немецкой клавиатуры (в главке про ситуацию "чужой компьютер")
......................... http://De.winrus.com