Вы не правы, дело именно в том, что найдено много костей, относящихся к промежуточным стадиям между обезьяноподобным предком и нами. Цепочка выглядит примерно так: египтопитек (который был общим предком человекообразных обезьян и человека) - рамапитек - австралопитек - человек прямоходящий - неандертальский человек (хотя не все ученые признают его нашим предком) - современный (анатомически) человек. Все звенья этой цепи основываются не на умозрительных построениях, а на реальных палеонтологических находках, которые все точно датированы. И, хотя сегодня еще не утихают споры вокруг отдельных звеньев цепи (например, вокруг неандертальца), постепенное развитие людей из общего предка является палеонтологически доказанным.
Кроме того, существуют еще и анатомические, и генетические доказательства нашего родства с современными обезьянами. Они показывают, что человек имеет несомненно земное происхождение.
А что касается отличий черепов людей в наше время, то они существенно меньше, чем, например, отличия в черепах современного и прямоходящего людей.