Вход на сайт
Равновесие Харди-Вайнберга
06.08.11 12:20
!!! скопипастила из одной Группы. Может кто-нибудь помочь? Очень важно!!!
Если есть желание, помогите, пожалуйста, разобраться. Я уже в отчаянии, уже несколько карандашей изгрызла.
Равновесие Харди-Вайнберга
Дано
Генотипы Больные (n=63 чел.) Здоровые (n=46 чел)
Имеющееся кол-во (больные)
СС=28
АА=5
С/А=30
Имеющееся кол-во (здоровые)
СС=23
АА=2
С/А=21
Ожидаемое кол-во (больные)
СС=29,35
АА=6,35
С/А= 27,3
Ожидаемое кол-во (здоровые)
СС=24,39
АА=3,4
С/А=18,21
До этого места все ясно, ожидаемое кол-во рассчитывалось по принципу:
частота аллели f(C) =(СС+ 1/2С/А)/n
f( C)= (23+21/2)/46=0,728
далее , чтобы установить ожидаемое кол-во аллелей, ( f(C)² x n)= (0,728)²x 46=24,39
Генотипы
Аллель С (больн.) =86 (0,683)
Аллель С(здор.)=67 (0,728)
Аллель А(больн.)=40 (0,318)
Аллель А (здор.)=25(0,272)
с этим тоже пока все понятно.
Зато дальше идет:
р (больных) =0,897
χ² (больных)=0,258
р (здоровых) =0,441
χ² (здоровых)=0,441
Я понимаю, что идет рассчет равновесия Харди-Ваинберга, и что если χ²<0,05, то равновесие нарушено. В данном случае оно не нарушено.
Но я не понимаю, по какому принципу рассчитывались здесь р и χ²?
Если есть желание, помогите, пожалуйста, разобраться. Я уже в отчаянии, уже несколько карандашей изгрызла.
Равновесие Харди-Вайнберга
Дано
Генотипы Больные (n=63 чел.) Здоровые (n=46 чел)
Имеющееся кол-во (больные)
СС=28
АА=5
С/А=30
Имеющееся кол-во (здоровые)
СС=23
АА=2
С/А=21
Ожидаемое кол-во (больные)
СС=29,35
АА=6,35
С/А= 27,3
Ожидаемое кол-во (здоровые)
СС=24,39
АА=3,4
С/А=18,21
До этого места все ясно, ожидаемое кол-во рассчитывалось по принципу:
частота аллели f(C) =(СС+ 1/2С/А)/n
f( C)= (23+21/2)/46=0,728
далее , чтобы установить ожидаемое кол-во аллелей, ( f(C)² x n)= (0,728)²x 46=24,39
Генотипы
Аллель С (больн.) =86 (0,683)
Аллель С(здор.)=67 (0,728)
Аллель А(больн.)=40 (0,318)
Аллель А (здор.)=25(0,272)
с этим тоже пока все понятно.
Зато дальше идет:
р (больных) =0,897
χ² (больных)=0,258
р (здоровых) =0,441
χ² (здоровых)=0,441
Я понимаю, что идет рассчет равновесия Харди-Ваинберга, и что если χ²<0,05, то равновесие нарушено. В данном случае оно не нарушено.
Но я не понимаю, по какому принципу рассчитывались здесь р и χ²?
я не яся
NEW 06.08.11 14:35
Статья у меня в напечтанном виде, ссылок вроде нет
Проблема в том, что в своем натуральном виде (в виде таблиц), все выглядит намного проще...Но я не могу сюда таблицы выложить, к сожалению, поэтому и пришлось все в виде текста...
частота аллели f(C) =(СС+ 1/2С/А)/n
f( C)= (28+30/2)/63=0,683
Как я поняла, это значение имеет отношение только частоте аллелей С и А, к
Аллель С (больн.) =86 (0,683)
Аллель С(здор.)=67 (0,728)
Аллель А(больн.)=40 (0,318)
Аллель А (здор.)=25(0,272)
Вот к этим значениям и имеют отношение р и χ²
р (больных) =0,897
χ² (больных)=0,258
р (здоровых) =0,441
χ² (здоровых)=0,441
Проблема в том, что в своем натуральном виде (в виде таблиц), все выглядит намного проще...Но я не могу сюда таблицы выложить, к сожалению, поэтому и пришлось все в виде текста...
В ответ на:
Аллель С (больн.) =86 (0,683)...
Это Allelfrequenz des C-Allel/частота аллели С -здесь пока все сходится. Рассчитывалось по формулеАллель С (больн.) =86 (0,683)...
частота аллели f(C) =(СС+ 1/2С/А)/n
f( C)= (28+30/2)/63=0,683
В ответ на:
.р (больных) =0,897
.р (больных) =0,897
Как я поняла, это значение имеет отношение только частоте аллелей С и А, к
Аллель С (больн.) =86 (0,683)
Аллель С(здор.)=67 (0,728)
Аллель А(больн.)=40 (0,318)
Аллель А (здор.)=25(0,272)
Вот к этим значениям и имеют отношение р и χ²
р (больных) =0,897
χ² (больных)=0,258
р (здоровых) =0,441
χ² (здоровых)=0,441
NEW 06.08.11 17:32
я вроде это же самое и предполагал: б) его статистика хи-квадрат и его вероятность пэ из нижней таблицы относятся к другой гипотезе
только тут нет речи о сравнении генотипов, тут выдвинута гипотеза о равновесии популяции
чтобы принять или отвергнуть эту гипотезу вводится статистика хи-квадрат и сравнивается её значение с заранее заданной квантилью (в данном случае видимо 0,05)
никто не сравнивает здоровых и больных (исправлю, лучше так: никто не сравнивает АА и СС)
сравниваются цыфири
В ответ на:
Могли ли сравниватся эти 3 генотипа АА, С/А и СС?
Могли ли сравниватся эти 3 генотипа АА, С/А и СС?
я вроде это же самое и предполагал: б) его статистика хи-квадрат и его вероятность пэ из нижней таблицы относятся к другой гипотезе
только тут нет речи о сравнении генотипов, тут выдвинута гипотеза о равновесии популяции
чтобы принять или отвергнуть эту гипотезу вводится статистика хи-квадрат и сравнивается её значение с заранее заданной квантилью (в данном случае видимо 0,05)
никто не сравнивает здоровых и больных (исправлю, лучше так: никто не сравнивает АА и СС)
сравниваются цыфири
NEW 06.08.11 17:44
Если я правильно понимаю, равновесие может быть нарушено, если какой-то ген связан с заболеванием? Тогда он будет накапливаться в группе "больных"
Но подождите, ведь, насколько я поняла, сравнивают не с абстрактной квантилью 0,05, а с тем (извините, попытаюсь обьяснить как смогу) сколько процентов эта аллель встречается от общего кол.-ва пациентов, в случае, например, с аллелью С (86:63)=1,365, и это число можно поставить как квантиль в SPSS/Binomial, и посмотреть, что получится.
Там же вроде не цыфири, а биномиальное распределение (есть аллель/нет аллели) сравнивается
В ответ на:
олько тут нет речи о сравнении генотипов, тут выдвинута гипотеза о равновесии популяции
олько тут нет речи о сравнении генотипов, тут выдвинута гипотеза о равновесии популяции
Если я правильно понимаю, равновесие может быть нарушено, если какой-то ген связан с заболеванием? Тогда он будет накапливаться в группе "больных"
В ответ на:
чтобы принять или отвергнуть эту гипотезу вводится статистика хи-квадрат и сравнивается её значение с заранее заданной квантилью (в данном случае видимо 0,05)
чтобы принять или отвергнуть эту гипотезу вводится статистика хи-квадрат и сравнивается её значение с заранее заданной квантилью (в данном случае видимо 0,05)
Но подождите, ведь, насколько я поняла, сравнивают не с абстрактной квантилью 0,05, а с тем (извините, попытаюсь обьяснить как смогу) сколько процентов эта аллель встречается от общего кол.-ва пациентов, в случае, например, с аллелью С (86:63)=1,365, и это число можно поставить как квантиль в SPSS/Binomial, и посмотреть, что получится.
В ответ на:
сравниваются цыфири
сравниваются цыфири
Там же вроде не цыфири, а биномиальное распределение (есть аллель/нет аллели) сравнивается
NEW 06.08.11 20:49
это точно не математика, тут помочь не могу
и скорее всего во всей работе не встречаются слова "равновесие будет/не будет нарушено", как-то это не ... э-э ... ненаучно что-ли
там я думаю есть более мягкие слова, типа "равновесие будет устойчиво/неустойчиво"
я только в прогнозах погоды встречал такие жёсткие формулировки
ни или так
но не сравниваются генотипы
в ответ alisaxarms 06.08.11 17:44
В ответ на:
равновесие может быть нарушено, если какой-то ген связан с заболеванием?
равновесие может быть нарушено, если какой-то ген связан с заболеванием?
это точно не математика, тут помочь не могу
и скорее всего во всей работе не встречаются слова "равновесие будет/не будет нарушено", как-то это не ... э-э ... ненаучно что-ли
там я думаю есть более мягкие слова, типа "равновесие будет устойчиво/неустойчиво"
я только в прогнозах погоды встречал такие жёсткие формулировки
В ответ на:
Там же вроде не цыфири, а биномиальное распределение (есть аллель/нет аллели) сравнивается
Там же вроде не цыфири, а биномиальное распределение (есть аллель/нет аллели) сравнивается
ни или так
но не сравниваются генотипы
NEW 07.08.11 05:57
в ответ 341256 06.08.11 14:47
NEW 07.08.11 13:35
Не знаю, какую именно "дамочку" вы имели в виду-меня или ту, которая защитила диссертацию в 2008 году. Да это в принципе и не важно.
Полностью согласна- медики мало шарят в статистике. Все учили на ходу и по дороге. Потому и обращаюсь за советом к умным людям.
http://www.aerzteblatt.de/v4/archiv/artikel.asp?id=63755
См. Diskussion
Полностью согласна- медики мало шарят в статистике. Все учили на ходу и по дороге. Потому и обращаюсь за советом к умным людям.
http://www.aerzteblatt.de/v4/archiv/artikel.asp?id=63755
См. Diskussion
NEW 07.08.11 13:49
в ответ femidav 07.08.11 07:04
Уважаемый femadav (отвечаю вам с ветки русскоговорящие врачи итд)
Так и я не совсем понимаю!!!Обьясните, плииз! Меня, честно говоря, диссер фрау Вишке интересует не сточки зрения случая Гуттенберга, хотя, судя по вашим выводам, такие диссеры неплохо бы было перепроверить, я именно сама разобраться и научится хочу!
Потому и мучаюсь, потому и обратилась за советом!
Так и я не совсем понимаю!!!Обьясните, плииз! Меня, честно говоря, диссер фрау Вишке интересует не сточки зрения случая Гуттенберга, хотя, судя по вашим выводам, такие диссеры неплохо бы было перепроверить, я именно сама разобраться и научится хочу!
Потому и мучаюсь, потому и обратилась за советом!
NEW 07.08.11 14:07
в ответ alisaxarms 07.08.11 13:49
Фрау Вишке однозначно указала в разделе 2.3.2 своей работы, что она использовала якобы ту же самую формулу, что и Федор выше, и которую можно лицезреть например здесь: http://en.wikipedia.org/wiki/Hardy%E2%80%93Weinberg_principle#Significance_tests.... Вот только её результаты явно не совпадают с полученными мной, Федором и очевидно Вами, значит она гонит.
NEW 07.08.11 15:30
Знаете, по-моему, вы меня подвели к самой сути проблемы- я на самом деле не вижу разницы и не понимаю, зачем нужно определять р И хиквадрат вместе.
И спасибо за ссылку, обьяснено было лучше, чем на немецкой странице.
Итак еще раз:
1)с помощью хиквадрата по Пирсону проверяются гипотезы Н0-ХВЕ нарушено и Н1-ХВЕ не нарушено, т. е находится в равновесии
2) Определяется Freiheitsgrad для 3 генотипов (в этом примере не приведена формула, а сразу указано, что он равен 1). Хорошо
3)если хиквадрат <3,84, гипотеза Н0 не отвергается .
Я правильно поняла?
Что же такое было "р" в этом примере?
И спасибо за ссылку, обьяснено было лучше, чем на немецкой странице.
Итак еще раз:
1)с помощью хиквадрата по Пирсону проверяются гипотезы Н0-ХВЕ нарушено и Н1-ХВЕ не нарушено, т. е находится в равновесии
2) Определяется Freiheitsgrad для 3 генотипов (в этом примере не приведена формула, а сразу указано, что он равен 1). Хорошо
3)если хиквадрат <3,84, гипотеза Н0 не отвергается .
Я правильно поняла?
Что же такое было "р" в этом примере?
NEW 07.08.11 16:11
Ну да.
В вики? В разделе на который дал ссылку? Там p и q означают частоты аллелей. У Вишке непонятно что это. По идее должно быть p-value. А по прописанным значением вообще ни на что не похоже.
в ответ alisaxarms 07.08.11 15:30
В ответ на:
Я правильно поняла?
Я правильно поняла?
Ну да.
В ответ на:
Что же такое было "р" в этом примере?
Что же такое было "р" в этом примере?
В вики? В разделе на который дал ссылку? Там p и q означают частоты аллелей. У Вишке непонятно что это. По идее должно быть p-value. А по прописанным значением вообще ни на что не похоже.
NEW 07.08.11 16:23
я этот же вопрос задал ещё в #5
ещё тогда это было непонятно и с прочтением оригинала ничего не изменилось
в ответ alisaxarms 07.08.11 15:30
В ответ на:
Что же такое было "р" в этом примере?
Что же такое было "р" в этом примере?
я этот же вопрос задал ещё в #5
В ответ на:
Генотипы
Аллель С (больн.) =86 (0,683).....
....
...р (больных) =0,897
...0,683 - это и есть р (больных)
Генотипы
Аллель С (больн.) =86 (0,683).....
....
...р (больных) =0,897
...0,683 - это и есть р (больных)
ещё тогда это было непонятно и с прочтением оригинала ничего не изменилось
NEW 07.08.11 17:23
Да, вот интересный ресурс на данную тему: http://www.biometrica.tomsk.ru/kk/index.htm
в ответ alisaxarms 07.08.11 13:35
В ответ на:
Полностью согласна- медики мало шарят в статистике
Полностью согласна- медики мало шарят в статистике
Да, вот интересный ресурс на данную тему: http://www.biometrica.tomsk.ru/kk/index.htm
NEW 07.08.11 19:27
Хорошая ссылка. Интересные комментарии.
Да, речь идет именно о p-value. В публикациях на тему такого рода во всех результатах указаны чаще всего p-value, χ² + Odds Ratio mit 95% CI (konfidenzintervall) . Как например здесь в Results
heart.bmj.com/content/94/11/1394.abstract?ijkey=0bc47eec1830b4e39eff3fb6b...
Но для чего и как нужно определять p-value?
Да, речь идет именно о p-value. В публикациях на тему такого рода во всех результатах указаны чаще всего p-value, χ² + Odds Ratio mit 95% CI (konfidenzintervall) . Как например здесь в Results
heart.bmj.com/content/94/11/1394.abstract?ijkey=0bc47eec1830b4e39eff3fb6b...
Но для чего и как нужно определять p-value?
NEW 07.08.11 19:33
в ответ alisaxarms 07.08.11 19:27
Давайте начнем с другой стороны, какие книги по мед. статистике Вы уже читали?
http://www.graphpad.com/articles/interpret/principles/p_values.htm
В ответ на:
Но для чего и как нужно определять p-value?
Но для чего и как нужно определять p-value?
http://www.graphpad.com/articles/interpret/principles/p_values.htm
NEW 07.08.11 19:46
Einführung in die genetische Epidemiologie, H. Bickeböller
SPSS 14, A. Bühl
+ 4-5 диссеров и много статеи, но в них находятся результаты в еще более концентрированном виде, чем в диссерах
У вас нет инфы НА НЕМЕЦКОМ или НА РУССКОМ? Трудновато на английском...
Очевидно, снова придется думать...Надо погуглить...
SPSS 14, A. Bühl
+ 4-5 диссеров и много статеи, но в них находятся результаты в еще более концентрированном виде, чем в диссерах
У вас нет инфы НА НЕМЕЦКОМ или НА РУССКОМ? Трудновато на английском...
Очевидно, снова придется думать...Надо погуглить...
NEW 07.08.11 22:55
в ответ alisaxarms 07.08.11 19:46
Так, jetzt wird mal ernst: почему же в этой работе, как и в других, гипотеза проверяется и с помощью хиквадрата, и с помощью р? Ведь доказывают они одно и то же, насколько я поняла- будет ли принята или не будет гипотеза Н0??? Для бОльшей уверенности???
NEW 07.08.11 23:19
есть масса других тестов, этот - один из наиболее лёгких
с помощью р ничего не проверяется
мало того, нам до сих пор неизвестно, что подразумевала автор под пэ-вертом
они - это кто? или что?
будет
в ответ alisaxarms 07.08.11 22:55
В ответ на:
почему же в этой работе, как и в других, гипотеза проверяется и с помощью хиквадрата
почему же в этой работе, как и в других, гипотеза проверяется и с помощью хиквадрата
есть масса других тестов, этот - один из наиболее лёгких
В ответ на:
и с помощью р
и с помощью р
с помощью р ничего не проверяется
мало того, нам до сих пор неизвестно, что подразумевала автор под пэ-вертом
В ответ на:
Ведь доказывают они одно и то же
Ведь доказывают они одно и то же
они - это кто? или что?
В ответ на:
будет ли принята или не будет гипотеза Н0?
будет ли принята или не будет гипотеза Н0?
будет
NEW 07.08.11 23:26
р в таких работах- это всегда p-value
Они-это, конечно же, тесты
Про р я до сих пор поняла, что это Wahrscheinlichkeitsverteilung, je kleiner p, desto mehr spricht das gegen die Hypothese H0 (не решаюсь писать это по-русски, а то еще веселее выйдет в моем изложении)
http://en.wikipedia.org/wiki/P-value
Они-это, конечно же, тесты
Про р я до сих пор поняла, что это Wahrscheinlichkeitsverteilung, je kleiner p, desto mehr spricht das gegen die Hypothese H0 (не решаюсь писать это по-русски, а то еще веселее выйдет в моем изложении)
http://en.wikipedia.org/wiki/P-value
NEW 07.08.11 23:55
нет, неправильно
одна маленькая цифирька ну никак не может быть целым распределением
максимум вероятностью
т.е. "..verteilung.." ну совсем лишнее
...
не покидает ощущение, что пытается понять матстатистику биолог, которому в жизни потом ёти знания никогда не понадобятся
вот, например, Вы можете сформулировать нуль-гипотезу в рассматриваемом вопросе?
зачем Вам это надо?
знайте только, что есть хи-квадрат тест
знайте, как его применить, в какую формулу какие цифры подставить и какое заключение сделать из результата
и не нужны Вам гипотезы, вероятностные пространства и распределения
в ответ alisaxarms 07.08.11 23:26
В ответ на:
Про р я до сих пор поняла, что это Wahrscheinlichkeitsverteilung
Про р я до сих пор поняла, что это Wahrscheinlichkeitsverteilung
нет, неправильно
одна маленькая цифирька ну никак не может быть целым распределением
максимум вероятностью
т.е. "..verteilung.." ну совсем лишнее
...
не покидает ощущение, что пытается понять матстатистику биолог, которому в жизни потом ёти знания никогда не понадобятся
вот, например, Вы можете сформулировать нуль-гипотезу в рассматриваемом вопросе?
зачем Вам это надо?
знайте только, что есть хи-квадрат тест
знайте, как его применить, в какую формулу какие цифры подставить и какое заключение сделать из результата
и не нужны Вам гипотезы, вероятностные пространства и распределения
NEW 08.08.11 07:39
в ответ alisaxarms 07.08.11 23:26
Вообще-то я хотел Вам вот эту книжку подсунуть: Medical Statistics From Scratch. Она правда на английском, но английский в науке нужен anyway.
NEW 08.08.11 11:32
в ответ fuedor2003 07.08.11 23:55
К сожалению, даже не биолог, а медик(как сказал один немец, профессор-ортопед, медики-это низшая ступень, типа чернорабочих, среди всех представителей высшего образования...Видимо, доля горькой сермяжной правды в его словах все-таки была...)
К сожалению, femidav прав на все 100%, среди медиков к бонтону относится упоминание различных студий, причем в таком варианте:"В ходе студии бла-бла-бла был получен р<0,001 bla-bla-bla, из этого следует бла-бла-бла, поэтому для меня очень важно в этом разобраться.
Поэтому я уже и заранее благодарна за все советы и комментарии, даже самые грубые-начинает вырисовыватся, где моя проблема.
К сожалению, femidav прав на все 100%, среди медиков к бонтону относится упоминание различных студий, причем в таком варианте:"В ходе студии бла-бла-бла был получен р<0,001 bla-bla-bla, из этого следует бла-бла-бла, поэтому для меня очень важно в этом разобраться.
Поэтому я уже и заранее благодарна за все советы и комментарии, даже самые грубые-начинает вырисовыватся, где моя проблема.
NEW 08.08.11 11:50
Так, подождите, где у меня пробел? В чем же разница? Вот цитата из Википедии:
Да, правда, про Verteilung здесь речи не было.
Нуль-гипотеза (Н0) в данном примере, по идее должна звучать так: распределение генотипов по ХВ(Харди-Вайнберг) нарушено (это же "негативная", так сказать, гипотеза)
Н1, соответственно, должна утверждать, что распределение генотипов по ХВ НЕ НАРУШЕНО
И все-таки:ЗАЧЕМ нужно было проверять (или доказывать/oповергать) нулевую гипотезу равновесия Харди-Вайнберга в этом примере с помощью 2-х, на мой слабый ум, можно сказать, идентичных тестов??? Для бОльшей достоверности?
В ответ на:
Der p-Wert ist ein Wert zwischen Null und Eins, bestimmt durch die gezogene Stichprobe. Er deutet an, wie glaubhaft es ist, ein solches Stichprobenergebnis zu erhalten, wenn die Nullhypothese wahr ist und damit umgekehrt, wie glaubhaft die Nullhypothese bei Erhalt dieses Stichprobenergebnisses ist. Der p-Wert ist die Wahrscheinlichkeit, unter Gültigkeit der Nullhypothese das erhaltene Ergebnis oder ein extremeres zu erhalten.
Der p-Wert ist ein Wert zwischen Null und Eins, bestimmt durch die gezogene Stichprobe. Er deutet an, wie glaubhaft es ist, ein solches Stichprobenergebnis zu erhalten, wenn die Nullhypothese wahr ist und damit umgekehrt, wie glaubhaft die Nullhypothese bei Erhalt dieses Stichprobenergebnisses ist. Der p-Wert ist die Wahrscheinlichkeit, unter Gültigkeit der Nullhypothese das erhaltene Ergebnis oder ein extremeres zu erhalten.
Да, правда, про Verteilung здесь речи не было.
Нуль-гипотеза (Н0) в данном примере, по идее должна звучать так: распределение генотипов по ХВ(Харди-Вайнберг) нарушено (это же "негативная", так сказать, гипотеза)
Н1, соответственно, должна утверждать, что распределение генотипов по ХВ НЕ НАРУШЕНО
И все-таки:ЗАЧЕМ нужно было проверять (или доказывать/oповергать) нулевую гипотезу равновесия Харди-Вайнберга в этом примере с помощью 2-х, на мой слабый ум, можно сказать, идентичных тестов??? Для бОльшей достоверности?
NEW 08.08.11 11:54
Знаете, самое смешное, что я поначалу примерно на это и надеялась. Но, как стало очевидно из этого диалога, я ошиблась. Все-таки хотелось бы разобраться.
Этот форум называется-таки "Хочу все знать", а не "Халява, сэр", например.
Я-то сначала проверяла ее работу, исходя из того, что частота аллелей Аи С -это конечный результат всех ее трудов, и проверяла по
оттуда и эта формула χ²=(n(ad-bc)²)/(a+b)*(a+c)*(c+d)*(b+d) (для Vierfeledertafel) , и у меня получилось 0,266 ?!?!? А заступорило меня на том моменте, что я не знала, к чему же отнести полученную сумму,( т.е.-а что же я там такое насчитала)
Вы же рассчитывали по Verteilungstest,т.к. рассчитывали, чтобы оповергнуть или подтвердить гипотезу о нарушении ХВ-равновесия в распределении генотипов АА, СС и АС, отдельно у здоровых и у больных, где у и вас получилось чиквадрат для больных 0,616. Это более или менее понятно, здесь мнения о том, что ошибка в рассчетах скорее всего в работе фрау Вишке, единогласны (моя личная теория, что ХВ она рассчитывала по формулам, а хиквадрат и р "взяла" из SPSS, чего-нибудь не учтя), значит, с хиквадратом все понятно. Осталось p-wert или p-value.
http://gen-p.ru/proverka-zakona-xardi-vajnberga.html
В ответ на:
зачем Вам это надо?
знайте только, что есть хи-квадрат тест
знайте, как его применить, в какую формулу какие цифры подставить и какое заключение сделать из результата
и не нужны Вам гипотезы, вероятностные пространства и распределения
зачем Вам это надо?
знайте только, что есть хи-квадрат тест
знайте, как его применить, в какую формулу какие цифры подставить и какое заключение сделать из результата
и не нужны Вам гипотезы, вероятностные пространства и распределения
Знаете, самое смешное, что я поначалу примерно на это и надеялась. Но, как стало очевидно из этого диалога, я ошиблась. Все-таки хотелось бы разобраться.
Этот форум называется-таки "Хочу все знать", а не "Халява, сэр", например.
В ответ на:
Mit dem Chi-Quadrat-Test (χ2-Test) untersucht man Verteilungseigenschaften einer statistischen Grundgesamtheit.
Man unterscheidet vor allem die folgenden Tests:
Verteilungstest oder Anpassungstest: Hier wird geprüft, ob vorliegende Daten auf eine bestimmte Weise verteilt sind.
Unabhängigkeitstest: Hier wird geprüft, ob zwei Merkmale stochastisch unabhängig sind.
Homogenitätstest: Hier wird geprüft, ob zwei oder mehr Stichproben derselben Verteilung bzw. einer homogenen Grundgesamtheit entstammen.
Vierfeldertest als Spezialfall des Chi-Quadrat-Tests für (2x2)-Kontingenztabellen.
Mit dem Chi-Quadrat-Test (χ2-Test) untersucht man Verteilungseigenschaften einer statistischen Grundgesamtheit.
Man unterscheidet vor allem die folgenden Tests:
Verteilungstest oder Anpassungstest: Hier wird geprüft, ob vorliegende Daten auf eine bestimmte Weise verteilt sind.
Unabhängigkeitstest: Hier wird geprüft, ob zwei Merkmale stochastisch unabhängig sind.
Homogenitätstest: Hier wird geprüft, ob zwei oder mehr Stichproben derselben Verteilung bzw. einer homogenen Grundgesamtheit entstammen.
Vierfeldertest als Spezialfall des Chi-Quadrat-Tests für (2x2)-Kontingenztabellen.
Я-то сначала проверяла ее работу, исходя из того, что частота аллелей Аи С -это конечный результат всех ее трудов, и проверяла по
В ответ на:
Vierfeldertest als Spezialfall des Chi-Quadrat-Tests für (2x2)-Kontingenztabellen.
Vierfeldertest als Spezialfall des Chi-Quadrat-Tests für (2x2)-Kontingenztabellen.
оттуда и эта формула χ²=(n(ad-bc)²)/(a+b)*(a+c)*(c+d)*(b+d) (для Vierfeledertafel) , и у меня получилось 0,266 ?!?!? А заступорило меня на том моменте, что я не знала, к чему же отнести полученную сумму,( т.е.-а что же я там такое насчитала)
Вы же рассчитывали по Verteilungstest,т.к. рассчитывали, чтобы оповергнуть или подтвердить гипотезу о нарушении ХВ-равновесия в распределении генотипов АА, СС и АС, отдельно у здоровых и у больных, где у и вас получилось чиквадрат для больных 0,616. Это более или менее понятно, здесь мнения о том, что ошибка в рассчетах скорее всего в работе фрау Вишке, единогласны (моя личная теория, что ХВ она рассчитывала по формулам, а хиквадрат и р "взяла" из SPSS, чего-нибудь не учтя), значит, с хиквадратом все понятно. Осталось p-wert или p-value.
http://gen-p.ru/proverka-zakona-xardi-vajnberga.html
NEW 08.08.11 15:18
в ответ alisaxarms 08.08.11 11:54
На одном немецком форуме наткнулась на интересную фразу:
Значит, он относится к хиквадрат???
webcache.googleusercontent.com/search?q=cache%3AMP8qQQwYwJwJ%3Astatistik-...
В ответ на:
die p-Werte der Chi2 - oder T-Verteilung bekommt man auch sehr schön (bzw. schöner und einfacher) mit EXCEL hin: Einfach CHIVERT(x;df) oder TVERT(x;df;2) eingeben, wobei die "2" für zweiseitig gilt (bei einseitig halt "1" eingeben)
die p-Werte der Chi2 - oder T-Verteilung bekommt man auch sehr schön (bzw. schöner und einfacher) mit EXCEL hin: Einfach CHIVERT(x;df) oder TVERT(x;df;2) eingeben, wobei die "2" für zweiseitig gilt (bei einseitig halt "1" eingeben)
Значит, он относится к хиквадрат???
webcache.googleusercontent.com/search?q=cache%3AMP8qQQwYwJwJ%3Astatistik-...
NEW 08.08.11 15:43
Дорогие и уважаемые участники форума! Все те, кого я успела достать за последние пару дней!
Выражаю вам мою бесконечную признательность! Вы меня вывели из творческого ступора! Ю-хуу, ich komme weiter со своим диссером! Мои цыфирьки, как сказал fuedor, наконец-то стали приобретать для меня человеческое лицо!
Happy end
Выражаю вам мою бесконечную признательность! Вы меня вывели из творческого ступора! Ю-хуу, ich komme weiter со своим диссером! Мои цыфирьки, как сказал fuedor, наконец-то стали приобретать для меня человеческое лицо!
Happy end
NEW 08.08.11 22:44
Наоборот, нулевая гипотеза гласит, что равновесие не нарушено.
Тест один, p-value однозначно следует из хи-квадрата. Правда при столь низком N (или нулевых значениях как в других таблицах) не мешало бы применить точный тест Фишера.
в ответ alisaxarms 08.08.11 11:50
В ответ на:
Нуль-гипотеза (Н0) в данном примере, по идее должна звучать так: распределение генотипов по ХВ(Харди-Вайнберг) нарушено (это же "негативная", так сказать, гипотеза)
Н1, соответственно, должна утверждать, что распределение генотипов по ХВ НЕ НАРУШЕНО
Нуль-гипотеза (Н0) в данном примере, по идее должна звучать так: распределение генотипов по ХВ(Харди-Вайнберг) нарушено (это же "негативная", так сказать, гипотеза)
Н1, соответственно, должна утверждать, что распределение генотипов по ХВ НЕ НАРУШЕНО
Наоборот, нулевая гипотеза гласит, что равновесие не нарушено.
В ответ на:
И все-таки:ЗАЧЕМ нужно было проверять (или доказывать/oповергать) нулевую гипотезу равновесия Харди-Вайнберга в этом примере с помощью 2-х, на мой слабый ум, можно сказать, идентичных тестов??? Для бОльшей достоверности?
И все-таки:ЗАЧЕМ нужно было проверять (или доказывать/oповергать) нулевую гипотезу равновесия Харди-Вайнберга в этом примере с помощью 2-х, на мой слабый ум, можно сказать, идентичных тестов??? Для бОльшей достоверности?
Тест один, p-value однозначно следует из хи-квадрата. Правда при столь низком N (или нулевых значениях как в других таблицах) не мешало бы применить точный тест Фишера.
NEW 09.08.11 23:44
Это только в этом примере он низкий, а у меня 400 человек в студии. Пример был выбран из-за того, что показался мне простым. Фишер-это если <100. Спасибо, вы мне здорово помогли. Сижу теперь, грызу
NEW 14.08.11 21:59
в ответ alisaxarms 09.08.11 23:44
Ха!
Вот что ответили мне генетики на одном русском форуме. Может, это более прояснит картину в конкретном случае.
Кстати, эти мистериозные результаты фрау Вишке мне-таки не дают покоя. Я даже в СПСС таблицу сделала с ее цыфирьками-все равно не сходится. Я уже и в
генотип-калькуляторе попробовала,-все равно никак! Ее результаты "нереплицирабельные"...
Генотип-калькулятор для любопытных:
http://www.oege.org/software/hardy-weinberg.shtml
Вот что ответили мне генетики на одном русском форуме. Может, это более прояснит картину в конкретном случае.
В ответ на:
Вы в трех соснах запутались. Закон Харди-Вайнберга - просто закон случайного скрещивания, когда ожидаемые частоты по генотипам распределяются на p^2,2pq,q^2.
Для проверки на соответствие закону берете наблюдаемые три численности генотипов из первой таблицы и три численности ожидаемых, которые расчитываются из частот аллелей. По этим двум рядам из трех элементов считаете хи-квадрат. Уровень достоверности отклонения от равновесия ХВ т.е. вероятность p берется из таблицы хи-квадрат или считается в Excel. Отклонение от ХВ само по себе про болезни ничего не скажет.
А таблицы, те которые contingency, понятие немного другое. Если есть например две группы пациентов - больные и контроль, и есть два или более признаков, например мужчина/женщина, или три генотипа, contigency тестом проверяется связано ли одно с другим. Например отличаются ли распределения генотипов у больных и в контроле.
В вашем случае contingency test можно провести, расчитав хи-квадрат по трем частотам генотипов, наблюдаемых у больных и в контроле. А ожидаемые частоты здесь не нужны.
Кстати формула хи-квадрат у вас дана в виде частного случая, для таблицы 2 на 2, а в Харди Вайнберге таблица 3 на 2. Посмотрите формулу более общую.
Пересчитывать не буду - не барское это дело.
А хи-квадратов в ваших табличках дано 2, в нижней таблице, очевидно там же даны уровни достоверноти.
Вы в трех соснах запутались. Закон Харди-Вайнберга - просто закон случайного скрещивания, когда ожидаемые частоты по генотипам распределяются на p^2,2pq,q^2.
Для проверки на соответствие закону берете наблюдаемые три численности генотипов из первой таблицы и три численности ожидаемых, которые расчитываются из частот аллелей. По этим двум рядам из трех элементов считаете хи-квадрат. Уровень достоверности отклонения от равновесия ХВ т.е. вероятность p берется из таблицы хи-квадрат или считается в Excel. Отклонение от ХВ само по себе про болезни ничего не скажет.
А таблицы, те которые contingency, понятие немного другое. Если есть например две группы пациентов - больные и контроль, и есть два или более признаков, например мужчина/женщина, или три генотипа, contigency тестом проверяется связано ли одно с другим. Например отличаются ли распределения генотипов у больных и в контроле.
В вашем случае contingency test можно провести, расчитав хи-квадрат по трем частотам генотипов, наблюдаемых у больных и в контроле. А ожидаемые частоты здесь не нужны.
Кстати формула хи-квадрат у вас дана в виде частного случая, для таблицы 2 на 2, а в Харди Вайнберге таблица 3 на 2. Посмотрите формулу более общую.
Пересчитывать не буду - не барское это дело.
А хи-квадратов в ваших табличках дано 2, в нижней таблице, очевидно там же даны уровни достоверноти.
Кстати, эти мистериозные результаты фрау Вишке мне-таки не дают покоя. Я даже в СПСС таблицу сделала с ее цыфирьками-все равно не сходится. Я уже и в
генотип-калькуляторе попробовала,-все равно никак! Ее результаты "нереплицирабельные"...
Генотип-калькулятор для любопытных:
http://www.oege.org/software/hardy-weinberg.shtml
NEW 15.08.11 00:00
бред какой-то
уровень достоверности ≠ вероятность р
что бы это не было, оно не берётся из таблицы
у хи-квадрата вообще нет таблицы
посоветовал бы Вам обратиться на специализированные форумы
но прежде всего надо Вам понять, что вопрос, который Вы хотите для себя решить, не из области генетики, а из области матстатистики
туда и обращайтесь
в ответ alisaxarms 14.08.11 21:59
В ответ на:
Уровень достоверности отклонения от равновесия ХВ т.е. вероятность p берется из таблицы хи-квадрат
Уровень достоверности отклонения от равновесия ХВ т.е. вероятность p берется из таблицы хи-квадрат
бред какой-то
уровень достоверности ≠ вероятность р
что бы это не было, оно не берётся из таблицы
у хи-квадрата вообще нет таблицы
посоветовал бы Вам обратиться на специализированные форумы
но прежде всего надо Вам понять, что вопрос, который Вы хотите для себя решить, не из области генетики, а из области матстатистики
туда и обращайтесь
NEW 15.08.11 02:14
А не проще просто спросить у фрау Вишке? http://www.ruppiner-kliniken.de/rkn.de/index.php?StoryID=88
Фантастическое по своей безграмотности предложение.
Ещё бы, на эту тему саму по себе можно диссертации писать...
Опять таки смесь правды с непониманием. Почему бы кстати Вам не почитать предложенную мной книгу? Там в 14-ой главе этот вопрос вполне доступно изложен. Ожидаемые значение для хи-квадрата нужны разумеется и в этом случае, но считаются они элементарно: берем табличку, перемножаем сумму столбца на сумму строки, делим на общую сумму - это ожидаемое значение ячейки. Далее элементарно подсчитываем хи-квадрат.
Например таблица
Путать p-value и уровни достоверности кстати очень типично для российских биологов... 9 и 12 главы данной книги.
в ответ alisaxarms 14.08.11 21:59
В ответ на:
Кстати, эти мистериозные результаты фрау Вишке мне-таки не дают покоя. Я даже в СПСС таблицу сделала с ее цыфирьками-все равно не сходится. Я уже и в
генотип-калькуляторе попробовала,-все равно никак! Ее результаты "нереплицирабельные"...
Кстати, эти мистериозные результаты фрау Вишке мне-таки не дают покоя. Я даже в СПСС таблицу сделала с ее цыфирьками-все равно не сходится. Я уже и в
генотип-калькуляторе попробовала,-все равно никак! Ее результаты "нереплицирабельные"...
А не проще просто спросить у фрау Вишке? http://www.ruppiner-kliniken.de/rkn.de/index.php?StoryID=88
В ответ на:
Уровень достоверности отклонения от равновесия ХВ т.е. вероятность p берется из таблицы хи-квадрат или считается в Excel.
Уровень достоверности отклонения от равновесия ХВ т.е. вероятность p берется из таблицы хи-квадрат или считается в Excel.
Фантастическое по своей безграмотности предложение.
В ответ на:
Отклонение от ХВ само по себе про болезни ничего не скажет.
Отклонение от ХВ само по себе про болезни ничего не скажет.
Ещё бы, на эту тему саму по себе можно диссертации писать...
В ответ на:
В вашем случае contingency test можно провести, расчитав хи-квадрат по трем частотам генотипов, наблюдаемых у больных и в контроле. А ожидаемые частоты здесь не нужны.
Кстати формула хи-квадрат у вас дана в виде частного случая, для таблицы 2 на 2, а в Харди Вайнберге таблица 3 на 2. Посмотрите формулу более общую.
В вашем случае contingency test можно провести, расчитав хи-квадрат по трем частотам генотипов, наблюдаемых у больных и в контроле. А ожидаемые частоты здесь не нужны.
Кстати формула хи-квадрат у вас дана в виде частного случая, для таблицы 2 на 2, а в Харди Вайнберге таблица 3 на 2. Посмотрите формулу более общую.
Опять таки смесь правды с непониманием. Почему бы кстати Вам не почитать предложенную мной книгу? Там в 14-ой главе этот вопрос вполне доступно изложен. Ожидаемые значение для хи-квадрата нужны разумеется и в этом случае, но считаются они элементарно: берем табличку, перемножаем сумму столбца на сумму строки, делим на общую сумму - это ожидаемое значение ячейки. Далее элементарно подсчитываем хи-квадрат.
Например таблица
CC CA AA | Sum
HCM 28 30 5 | 63
Control 23 21 2 | 46
------------------------
Sum 51 51 7 | 109
дает нам следующие ожидаемые значения:
CC CA AA | Sum
HCM 29,5 29,5 4,05 | 63
Control 21,5 21,5 2,95 | 46
--------------------------------
Sum 51 51 7 | 109
из чего хи-квадрат дает значение 0,694 и p-value ~0,7.
В ответ на:
очевидно там же даны уровни достоверноти
очевидно там же даны уровни достоверноти
Путать p-value и уровни достоверности кстати очень типично для российских биологов... 9 и 12 главы данной книги.