то ли у меня дежавю, то ли все таки эта тема уже поднималась- тут
вряд ли могу к сказанному еще что то существенное добавить. Пробовать что-то, в самом деле пробовать, что вам предлагают и только таким образом выбрать что то себе комфортное.
Не нравятся предложенные решения - сразу вопрос, чем не нравятся, что делают не так? Смотреть другие решения для бекапа - их такое великое множество - под виндовс -
,про BatchSync и Super Flexible File Synchronizer повторяться не буду - последний я использовал как будто удачно, до перехода на бекап средствами unix-систем.
Там тоже - кроме того, что было в дежавю рассмотрено - великое множество решений для всего буквально -

Сам сейчас изучаю BackupPC...говорят есть и более мощные решения.
Ну или - ходить на спецфорумы,читать описания,например, тут, если что непонятно, если надо, региться, задавать конкретные вопросы и получать конкретные ответы.
По поводу бд. Лучше всего снимать дамп средствами самого mysql. Сам не встречал программу, которая одновременно бекапит файлы и бд..хотя вот когда то был на одном хостинге на Plesk- е, уж не знаю, какими средствами там снимался бекап (скорее всего самыми простыми и двумя разными средствами сервера), на выходе там получался один архив со всем необходимым.
В принципе, это можно и самому сделать, но вопрос, надо ли?Ну и в планировщике - не все равно, одну задачу выставить или две.
Из того, что сам проверял, а потому точно знаю, что Super Flexible File Synchronizer - для файлов, и SQLyog - для бд, нормально отрабатыват в виндовом планировщике, без претензий.
Ну а в линуксе еще проще..все в несколько строк решается...
Еще раз - пробовать надо, тогда все получится..