В теле страницы есть линк на PDF. Линк оформлен не стандартным,
<a href="">линк</a>
но яваскриптом
<a href="javascript()">ПДФ</a>
Вопрос, индексируется ли эта пдф гуглом?

если в яваскрипте стоит прямой путь к пдф, то проиндексируется. если не хочешь рисковать запрети индексацию пдф в роботс

Как раз таки идексация нужна. А линки скриптом ставит инсталлированный в систему модуль

<a class="prod-attach" оncliск="return fileUploaderPopup.open({url:this.rel, title: ТОВАР),_Übersicht'});" 
href="javascript:;" rel="ПУТЬ?d=1&file=custom%2Fupload%2FFile-1348418708.pdf

сижу и думаю расковыривать скрип или оставить

проиндексирует, тем более что стоит rel с прямой ссылкой. http://www.forbes.com/sites/velocity/2010/06/25/google-isnt-just-reading-your-li...

Отлично. Спасибо!