Как правильно сделать редирект 301 в .htaccess и где именно этот файл помещать и в начале его писать или можно в конце, можно ли со временем вообще эту запись будет удалить. Как понял из примеров по инету, что должно выглядеть что то вроде такого
Redirect /wiki/001.php http://site.ru/001234.php
то есть надо что бы все ко попадёт по поиску на страницу в папке Wiki, были перекинуты на страницу сайта. Папку Wiki, планирую со временем совсем удалить. Исходя из этого, наверное это было бы лучше если было бы в корне самого сайта.

файл .htaccess нужно поместить или в корень, или в каталог wiki. Если он будет лежать в корне, то не обязательно, чтобы wiki существовал вообще.
При этом приоритетным будет .htaccess файл каталога wiki, то есть вебсервер будет сначала его проверять.

В корне сайта сейчас лежит .htaccess который идёт вместе с движком. Там куча чего указано, немного даже боязно его трогать. Если помещу его в каталог Wiki, можно через какое то время всё это удалить полностью? И как всё таки правильно прописать внутри его? Надо порядка 15 страниц перенаправить.

попробуйте:
RedirectPermanent /wiki/001.php http://site.ru/001234.php
если не получится, то:
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
Options +SymLinksIfOwnerMatch
RewriteRule /wiki/001.php http://site.ru/001234.php
</IfModule>

RedirectPermanen - это как понимаю 301 ? то есть в том случае что потом хочу избавиться от старых страниц так лучше?