в какую папку залить сайт? в httpdocs? раньше сайт был на хостинге, а сейчас хочу перенести на виртуальный сервер.

у меня httpdocs.
Тоже виртуальный.

У VDS в зависимости от настроек в конфигурационном файле апача папка может существенно отличаться от общепринятой на шаред хостингах.
Допустим ваш сайт называется super.de - соответственно путь может быть таков:

/home/username/data/www/super.de

http://centos.name
http://silikon-if.com

у меня вот так
usr/local/www/apache22/vhosts/chat.regciti.ru/

Все зависит от виртуализации сервера и какой софт для управления на нем установлен.
в "httpdocs" обычно Plesk создает.
Пусть к файлам - это всего лишь настройка веб-сервера. Он может быть любым. Можно /a/b/c/d/e/ сделать.