Я бы не стал много колесить по стране. Пару дней в Мюнхене и пару в Берлине вполне достаточно будет. Переезд можно на поезде осуществить, для маленького не будет напряжно. Города достаточно разные, что бы составить представление. По маленьким поселениям кататься смысла нет особого, да, если переезжать на ПМЖ, то выгоднее проживать в небольшой городок рядом с тем же Мюнхеном, но смотреть их сейчас - ИМХО, бесполезно.
Мы были в Мюнхене с пятилетним ребёнком, поверьте, вы и половины возможного не обойдёте за 5 дней, но, ребёнку быстро надоест, так как по большей части тематика одна - старинные дома и парки, да автомобили. В Берлине поразнообразней, да и город более молодёжный, что ли (не хочу сказать, что Мюнхен для старпёров, ни в коем случае), музей мадам Тюссо, два зоопарка (один в восточном, второй в западном Берлине, хотя Мюнхенский зоопарк тоже стоит посетить, маленькому должно понравится) и т.п.
Не пытайтесь ухватить много, хорошего не выйдет. Вы же отдыхать едете, в конце концов, а не в забеге на марафонскую дистанцию участвовать.