Вам нужно ориентироваться не только на "дешевле", но и на время в пути и чтобы рейсы до Москвы и до Омска были из одного аэропорта, т.к. переезд из одного аэропорта в другой может вылиться в дополнительное время и деньги. А с маленьким ребенком, да до Омска - дорога и так очень тяжелая.
По аэропортам:
Аэрофлот летает как по России, так и за рубеж, садятся в Шереметьево (север Москвы).
Я бы советовала Домодедово (юг Москвы) - там садяться практически все крупные зарубежные авиакомпании (включая Люфтганзу, Аэрберлин, австрийцы, французы...) и российские Сибирь (S7), Трансаэро - больше вариантов из Франкфурта вылететь одной авиакомпанией, а уже по России лететь другой - если будут выгодные предложения.
Июнь - сезон отпусков, поэтому советую покупать билеты сейчас, чем дальше - тем дороже вам обойдется поездка. Буквально неделю назад купила билеты Москва-Франкфурт за 240 евро на июнь у Люфтганзы (прямой рейс, 3.1 часа лета), а сейчас уже дешевле 270 ничего нет.