В дополнение к тому, что уже посоветовали...
Если любите современное искусство, могу порекомендовать "Винзавод" http://www.winzavod.ru/.
А так Третьяковку (их две, смотря какая эпоха и направление в искусстве интересует) http://www.tretyakovgallery.ru/ru/visitors/address/krimval/ и http://www.tretyakovgallery.ru/ru/visitors/address/lavrushinskom/.
Навигация на Москве-реке уже должна была закрыться, так что насчёт катера сомневаюсь.
Храм Христа Спасителя http://www.xxc.ru/ и отходящий от него пешеходный мост через реку, а также Большой каменный мост. С них открываются отличные виды.
Бульварное кольцо http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%91%D1%83%D0%BB%D1%8C%D0%B2%D0%B0%D1%80%D0%BD%D0...
Если бы было побольше времени, посоветовала бы ещё Арбатские и Китайгородские переулки, Нескучный сад (хотя, не знаю, опали ли уже деревья в Москве) и там же Фрунзенский мост, Чистые и Патриаршие пруды, смотровую полощадку Останкинской башни, Царицыно, Кусково... да много ещё интересного в Москве, но 3 дня - очень моло
Насчёт поесть-попить: например,
http://www.faqcafe.ru/
http://www.artefaq.ru/
http://www.bilinguaclub.ru/
Но это всё не национальная кухня, зато сами места интересные
Если соберётесь на ВДНХ, то лучше не в выходной день, а то там не протолкнуться. То же самое относится и к Арбату.