Летим из Франкфурта, ожидается пересадка 3 часа в Киеве, поскольку таким способом до места назначения добираемся первый раз возникает вопрос- есть- ли какие -то дополнительные досмотры? Нужна виза? (Гражданство ЕС), или просто приглашают в трансферную зону без предьявления каких- либо документов?

1. Досмотры есть. В аэропорту Борисполь транзитники на пересадке проходят стандартный досмотр авиабезопасности. Как во Франкфурте или Цюрихе например.
2. Если не пересекать границу Украины, виза не нужна. Гражданам ЕС она вообще не нужна на столь короткий срок, даже при пересечении.
3. При выходе из самолета в Борисполе у Вас будет самостоятельный выбор - пройти пограничника и выйти зачем-то в общую зону аэропорта, пройти напротив пограничника авиабезопасность и выйти в "чистую" зону аэропорта (магазины, площадки для детей, кафе) для ожидания своего рейса, простоять зачем-то между погранцами и авиабезопасностью пару часов и только потом сделать то, что я написал выше.

Вот именно в Борисполе и будет пересадка.

Вы меня успокоили немножко

Всё зависит от того, КУДА именно будет дальнейший полёт происходить. Если из Украины в другую страну - то транзитную зону покидать не придётся. Если же с международного рейса пересадка на внутренний рейс - то надо будет покинуть транзитную зону, подняться на этаж выше и снова пройти контроль. Багаж будет перемещён автоматически на следующий рейс, забирать не придётся.

в другую страну дальше, в Украине кроме пересадки останавливаться не собирались. Борисполь аэропорт вобще как, большой? Заблудиться можно? :)

Для Украины - большой, но в транзитной зоне точно не потеряетесь...