Подскажите, пожалуйста можно ли по Баварскому билету воспользоваться речным транспортом? Например из Регенсбурга до Пассау. И можно ли добраться из Ингольштадта до Регенсбурга по Дунаю?

Нет.

Из Ингольштадта хоть с билетом, хоть без билета никак не доберетесь. Т.к. судоходство по Дунаю начинается с Кельхайма (это чуть выше по течению от Регенсбурга), где Майн-Донау-Канал впадает в Дунай. Вверх по течению от Кельхайма можно доплыть только до клостера Вельтенбург (перекусить там и попить самого старого монастырского пива).