Весь вопрос в соотношении уровня нагрузки и адаптивных возможностей организма. Например, в армии (наверно, советской) сколько было шагистики? Подозреваю, что весьма немного, если считать объемы. В основном, в учебке, возможно два занятия в неделю. А солдаты - люди молодые, восстановление очень интенсивное. Пример с ходьбой вообще не по теме, там нагрузки нельзя назвать ударными.

А вот, у футболистов травмы колена - часть профессии. Потому, что много бегают, в общем, и много спуртуют.

Кстати, есть, тем не менее, футболисты, которых травмы колена миновали. То есть, это вообще вопрос статистики. Чей-то организм выдерживает нагрузки, чей-то - нет. Но ТС задала вопрос: Как гарантировать здоровые колени при интенсивных занятиях бегом? Ответ: никак. Никаких специфических упражнений, для этого, не существует. Поэтому, все в руках случая. Будут у ТС от природы здоровые колени - хорошо, повезло. Не будут - все, пишите письма и прощайтесь с бегом.