если не секрет, а почему эти сноски не в литературе? это же ссылки на источники чистой воды....

Внизу страницы ссылка на источники с указанием страницы, а в конце работы список ВСЕХ источников. Так делается. В России даже какой-то ГОСТ на эту тему есть. Не удивлюсь, что и в Германии какой-нибудь DIN наличествует.

При написании диссера в Германии оформление ссылок на источники может быть произвольным - единого стандарта нету, но народ не сильно страдает по этому поводу. Но в данном случае идет речь не только о ссылках на источники, но и о сносках, поясняющих какие-то фрагменты текста. Вообще, в ОО есть специальные средства оформления ссылок на источники, но довольно убогие, хотя и, ИМХО, лучше, чем встроенные фичи МСО (Cross-References, вставка ссылки на элемент списка). Другое дело, что для МСО есть EndNote (или ReferenceManager - без разницы), который кроет все остальное, как бык овцу.
Мое личное мнение: оформление ссылок на источники в виде сносок внизу страницы малооправдано, мешает целостности восприятия текста. Лучше использовать спец-фичи ОО и делать либо список по главам, либо общий список в конце работы. Но формально такое вполне допустимо и нередко встречается в научных журналах.

Не всегда На данном этапе для меня это не релевантно. Под конец может отформатирую в МСО

Библиография в конце работы
А в сносках я очень часто комментирую.

В этом есть определенный смысл. Ну блин я ж не монографию пишу. Для меня сноски в конце страницы на данный момент приемлемей (тем более что приходится кидать ссылки на источники на каждый "пук". Ну и комментирую я часто (во первых не хочется все цитаты в текст работы запихивать, во вторых часто комментирии к теме имеют косвенное отношение, но без этих каментов *имхо* смысл расскрывается не полностью.

Вот чтобы по клику можно было мгновенно перемещаться между ссылкой в тексте и литературной ссылкой в конце и существуют спец-фичи ОО для работы со ссылками. Но EndNote/ReferenceManager все равно намного лучше. А если использовать сноски, то получится довольно большой объем работы по переформатированию впоследствии.
Вообще - это мое глубокое убеждение - есть смысл диссер сразу верстать в ТеХе. Я, к сожалению, был _вынужден_ пользоваться МСО в силу обстоятельств. Диссер с массой формул и графиков в Ворде сверстать можно. Но, блин, гораздо геморройнее, чем в ТеХе. Да, в МатТайпе можно быстрее набрать сложную многоэтажную формулу, чем в классических текстовых редакторах при наборе исходника в ТеХе, да, в Ворде нет никаких проблем с автоматической нумерацией формул и рисунков по главам (с использованием стилевого форматирования). Но размещение рисунков... Ну не приспособлены ни Ворд, ни Райтер к полноценной DTP. Можно минимизировать геморрой путем комбинирования нескольких рисунков на одной странице, но если рисунков (схем, графиков и т.п.) в работе штук 30-40, то его как ни минимизируй, он все одно будет ощутимым.
Впрочем, если графики мало, то пофиг.

ИМХО, как раз если картинок много, то проще застрелиться, чем верстать в техе, ибо он размещает картинки как Кнут на душу положит.

Я в ТеХе не верстал особо - журналы принимают "сырец" с минимальной "версткой", рисунки вообще отдельно без вставки. А вот когда друганы свои диссеры верстали в ТеХе, то матерились, все-таки, поменьше моего... Хотя да - глюки и в ТеХе имеют место быть.

а не пофиг куда латех пихает рисунки? он как раз довольно прогнозируемо ведет себя, помещает их как только место позволит :))
а вот ссылки и библиография сделаны отлично, полез в дблп нашел весь бибтех вставил и сослался, самому писать всю эту чушь не нужно...
если есть требование по формату, можно подключить шаблон...
я не спец по латеху, но плюсов в нем явно не мало....

Если сложная - например, двухколоночная - верстка с разнокалиберными рисунками, то нет, не пофиг.
Если отсылать статью с минимальным форматированием - пофиг.
Ссылки и библиография в МСО+EndNote/ReferenceManager сделаны, ИМХО, удобнее. У меня была большая база ссылок, наколупаная за все время работы над диссером, и искать по ней, втыкая в нужное место сразу нужное количество ссылок, мне было проще. Один раз отформатировал стиль, и больше никаких головных болей.