что значит токсичность наличия РФ паспорта?

"Токсичность паспорта" означает, что наличие гражданства РФ (или какой-либо иной страны) может приводить к некоторым нежелательным последствиям, которые лица, принимающие решения, могут решить превентивно избежать. Обращу внимание, что тут важны не только те последствия, которые возникают де-юре УЖЕ в настоящий момент, но и некоторые ожидаемые негативные последствия в будущем.

На бытовом языке это формулируется как "лучше ПЕРЕбдеть, чем НЕДОбдеть".

А иранский /сирийский/ афганский /алжирский паспорт не токсичен- там все нормально? Они идут по пути цивилизационного развития и инноваций?

Для разных целей и юрисдикций - по-разному. Скажем обладая паспортом Алжира и ФРГ можно поехать в США по упрощённой программе (ESTA, в народе - "безвиз") как гражданин ФРГ, а вот с паспортом Кубы и ФРГ - нельзя (наличие пасса Кубы как подсанкционной страны для США обнуляет "плюшки" пасса ФРГ - придётся подавать на визу в общем порядке, как будто пасса ФРГ и не было).

Мне интересно по какому принципу тут токсичность определяют.

Токсичность определяют по уровню существующих и ожидаемых рисков.

Так все равны или некоторые равнее?

Нет никакой правовой нормы, чтобы граждане любой страны "автоматом" были равны во всех аспектах гражданам ЛЮБОЙ другой страны.

Я надеюсь, что законодатели отделяют «государство» и людей

Существуют санкции против государственных органов власти, против как государственных, так и негосударственных компаний, против частных лиц.

К примеру, есть санкции против органа власти ФСБ, против вузов ВШЭ / МГИМО, против компаний Газпрома и Роснефти, против конкретных российских чиновников, олигархов.

А есть паушальный запрет гражданам РФ держать на счетах ЕС суммы свыше 100,000 евро вне засимости от их нахождения в индивидуальных санкионных списках ( с исключением для обладателей паспорта ЕС / вида на жительство). Причём, любой банк может вообще закрыть этот счёт УЖЕ по собственной инициативе на основании внутрикорпоративных регламентов.