Нашел относительно точную информацию по налогообложению при двойном Wohnsitz и сохранении в Германии Lebensmittelpunkt. Оставлю здесь на случай, если кто-то будет такую же информацию искать.

Verbleibender inländischer Wohnsitz und Lebensmittelpunkt

Behält der Arbeitnehmer im Inland einen Wohnsitz, etwa weil er am Wochenende regelmäßig zur in Deutschland verbleibenden Familie heimkehrt, richtet sich das Besteuerungssrecht für grenzüberschreitende Einkünfte aus unselbständiger Tätigkeit im Verhältnis zur Schweiz nach dem zwischen Deutschland und Schweiz bestehenden Doppelbesteuerungsabkommen.

Verbleibt der Lebensmittelpunkt und damit die steuerliche Ansässigkeit in Deutschland, hat die Schweiz als Tätigkeitsstaat ein Besteuerungsrecht für Arbeitnehmereinkünfte, wenn entweder für einen Schweizer Arbeitgeber gearbeitet wird, oder, soweit für einen Arbeitgeber gearbeitet wird, der nicht Schweizer ist, wenn der Arbeitnehmer mehr als 183 Tage im Kalenderjahr in der Schweiz verbringt.

Werden in diesem Zusammenhang Tage außerhalb der Schweiz gearbeitet, etwa im Homeoffice in Deutschland, verbleibt es insoweit bei einem Besteuerungsrecht Deutschlands. Die Zuordnung des gesamten Arbeitslohnes ist dann zwischen Schweiz und Deutschland aufzuteilen.

Arbeitslohn, der in der Schweiz besteuert wird, ist in Deutschland unter Progressionsvorbehalt steuerfrei gestellt. Zu beachten ist hierbei, dass dieser Betrag nach deutschen steuerlichen Vorschriften, etwa was den Werbungskostenabzug betrifft, zu ermitteln ist.

Der Progressionsvorbehalt hat den Effekt, dass ein verbleibendes inländisches steuerpflichtiges Einkommen, zum Beispiel aus der Vermietung von Immobilien, in der Besteuerung einem höheren Steuersatz unterliegt, als es ohne ein derartiges Einkommen der Fall wäre.

Bei Ehepaaren, bei denen der im Inland verbleibende Ehepartner eigene inländische Einkünfte, etwa als Arbeitnehmer, hat, ist deshalb zu prüfen, inwieweit die Nachteile der Progressionseinkünfte des in der Schweiz arbeitenden Ehepartners einen möglichen Splittingvorteil aus der steuerlichen Zusammenveranlagung als Ehepaar überwiegen. Es ist zu ermitteln, ob es gegebenenfalls steuersparender und sinnvoller ist, eine getrennte Veranlagung beider Ehepartner vorzunehmen. Als Münchner Steuerberater fertigen wir für unsere Mandanten im Rahmen der Erstellung der Einkommensteuererklärung Berechnungen zur möglichen Vorteilhaftigkeit einer getrennten Veranlagung.

И ещё из другого источника:

Sofern Sie einen doppelten Wohnsitz haben und in Deutschland weiterhin Ihren Lebensmittelpunkt (z.B. regelmäßige Rückkehr am Wochenende)haben, sind Sie auch grundsätzlich in Deutschland unbeschränkt steuerpflichtig. Das würde dann bedeuten, dass nach dem DBA Deutschland/Schweiz das Arbeitseinkommen in der Schweiz in Deutschland steuerfrei wäre (das Besteuerungsrecht hat hier die Schweiz), aber in Deutschland dem Progressionsvorbehalt unterliegen würde. Sofern Sie über keine weiteren Einkünfte verfügen, würde aber der Progressionsvorbehalt zu einer deutschen Einkommensteuer von 0 Euro führen.

Это если не работать из Германии в Home Office, а только на территории Швейцарии, а в Германию приезжать на выходные/праздники/отпуск.