На сайте консульства РФ в Бонне сказано, что нужна справка об отсутствии задолженностей перед РФ.

Да.
Вот тут писала, как получать такую справку из Германии (в заявлении можно попросить отправить готовую справку и на адрес родственника в России, если Вам это удобнее): https://foren.germany.ru/showmessage.pl?Number=34844261&Bo...

Какие еще нужно собрать бумаги?

На странице консульства точно есть полный список требуемых документов, он везде чуть-чуть разный.

Нужно ли выписываться из кв-ры в РФ

Да, обязательно.

В качестве подтверждения годятся: внутренний паспорт со штампом о снятии с регистрации (в недействительный паспорт такой штамп наверняка не поставят), листок убытия, справка из МВД или, если выписка уже состоялась, а документа на руках нет, заверенное в консульстве заявление, что Вы выписаны (кажется. этот вариант работает теперь уже во всех консульствах, но лучше уточнить непосредственно в том консульстве, где собираетесь выходить из гражданства).

Собирает справки в РФ родственник по доверенности.

В таком случае родственник может сходить в паспортный стол / стол прописки (в то место, где в Вашем городе прописывают и выписывают) и узнать, сможет он выписать Вас по доверенности или нет. Если да, то пусть сразу узнает список документов и действует соответственно. Если нет, то будете выписываться письмом, на форуме неоднократно описывали, как это делается, посмотрите в архивах.