Я посмотрела бабушкину справку о репрессии, получается,она состояла на учете спецпоселения с ноября 41 года, то есть на тот момент ей было 12 лет.

Детей до 16 лет на персональный учёт не ставили (исключение - дети репатриированных немцев, на них дело заводили с 10 лет, но это было только начиная с 1945 года). Так что это просто ошибка того, кто составлял справку. Скорее всего, это следствие того, что бабушка числилась в составе семьи родителя, который был выселен и состоял на учёте спецпоселения с ноября 1941 года, поскольку до 1948 года местных немцев на учёт не ставили.

Получается, дело было не персональное, а в составе семьи?

Нет никаких дел "в составе семьи". Дело, как и репрессия, может быть только персональное. А вот реабилитация может быть, как за персональную репрессию, как у вашей бабушки, так и за то, что человек пострадал от репрессий, будучи несовершеннолетним в то время, когда репрессия применялась к его родителю, как у вашего отца. Если бы у бабушки не было персонального дела, то никто бы не реабилитировал вашего отца. За репрессии, примененные к бабушкам/дедушкам, внуков не реабилитируют.

Выложите здесь справку на бабушку, скрыв личные данные, тогда, может быть, вам смогут сказать больше, а не гадать.