Но в гимназию он не пойдет,...
Дальше в школу (11 -13 классов)...
Сам он решать не может куда идти, так как не очень разбирается в системе образавания.

Школа 11-13 классов - это обычно и есть гимназия, та самая Oberstufe.

И решать, учиться ему в школе еще три года с хорошими оценками (просто хороших мало, должны быть ОЧЕНЬ хорошие!) или пытаться получить допуск на учебу на медицинском факультете после Ausbildung гораздо дольше, может, и 10 лет, должен, конечно, он сам, а не мама.

Абитур можно получить разными способами, но для медицинского факультета надо иметь не просто абитур, а средний балл 1 с копейками. В идеальном случае 1,0, в неидеальном можно и хуже, но, скажем, с 1,8-1,9 уже практически не поступить в первый год, даже если написать отличный TMS.

Вы не написали, какие именно "хорошие" оценки у сына. Если "единицы", то, конечно, надо идти в гимназию (или другую школу, дающую полноценный абитур) и делать именно абитур.