Вопрос такой: возможно кто-нибудь сможет подсказать, рассматривают ли немецкие вузы дипломы о втором высшем (с сокращенным периодом обучения), если подавать документы вместе с первым дипломом?

У меня в университете это однозначно не было проблемой. Интересовало только итоговое количество кредитов по "главному" диплому (тому, что соответствует специальности магистратуры), которое стояло в его выписке. Также у нас подсчитывали кредиты по определённым предметам со всех имеющихся дипломов на предмет соответствия требованиям магистратуры (типа "математики" должно быть не меньше 20 кредитов). В смысле, если в первом дипломе была "математика I,II", а во втором "математика: III,IV", то мы их складывали (не так примитивно, конечно, мы исключали повторяющиеся темы, сверяли модульные каталоги...)

Но за то, что точно также делают все университеты Германии, ручаться не могу (скорее тут каждый университет делает, как ему удобно)

Вам надо читать Zulassungsordnung Вашего университета. Там всегда пишут и про минимально требуемое количество кредитов с бакалаврата, и про необходимые предметы... Если есть необходимая длительность обучения на бакалаврате, то там она должна быть упомянута. Принимайте решение о посылке одного (по информатике) или обоих дипломов на основании прочитанного. Если формально по требованиям проходите - должны принять.

А для гарантии стоило бы спросить университет напрямую - ищите Studienberatung по Вашей специальности (часто они и за прием отвечают или знают тех, кто отвечает) и/или пишите в Immatrikulationsamt. Распечатку корреспонденции приложить к документам.

Если будете подавать оба диплома, то жестом вежливости с Вашей стороны было бы при подаче копий и переводов обоих дипломов кратко описать ситуацию, чтобы комиссия не рылась в этой куче, стараясь понять сколько у Вас образований и какое им нужно.

Да, и бакалавр в Германии и 3 года бывает.