если человек будет подаваться на ПП предоставив B1 и среди прочего у него только один документ с собственной национальностью - военник, и в нём не немецкая национальность, этот военник может повлечь проблемы в виде проволочек и требований менять в нём национальность?

Не знаю. Но я бы такой ВБ даже не стала бы показывать BVA. Это как раз тот случай, когда надо лишний раз подумать, а стоит ли отправлять в BVA все подряд, а потом переживать и беспокоиться:

Национальность оснновного заявителя немка внесена в три документа (СОРБ, СОБ, и СОР ребёнка родившегося уже после подачи антрага)
--------

Но с антрагом ещё был отправлен СОР старшего сына (он с нами не едет) в котором национальность матери (она заявитель 4 п), указана русская.

BVA по поводу этого СОР молчит.

Что то мы запереживали, не попросят ли нас в последний момент в этом СОР тоже сменить национальность?

Не отправила бы супруга AlexDeit в BVA СОР ребенка, который не включён в антраг, сейчас бы не переживали, что ее могут попросить изменить в нем национальность.

А Вам легче будет изменить национальность в ВБ и не гадать. Военкомат не ЗАГС, в суд не отправит, все сделают быстро.