Во первых предсказание это указание события вместе во временем. Что указано в том "предсказании", о котором упоминаете вы?
Событие - что было предсказано и что произошло:
иру и Сидону отраднее будет в день суда, нежели вам...до ада низвергнешься..земле Содомской отраднее будет в день суда

Вы опять произвольно ставите дополнительные смысловые ограничения. Единственным определением предсказания является предвосхищение будущего события. Предсказание может быть более или менее конкретным, в Библии содержатся очень конкретные предсказания (например о рождении Мессии в маленьком городке Вифлеем и указание на год прихода Мессии, см. Пророчества о Христе) наряду с неконкретными.

окончательно запустел в 15. в...запустела в ср. века...: оставлен жителями к 11. веку
Теперь когда. 11-15 века. Через полторы тысячи лет. А с чего вы решили, что это те же самые города? Что в них того же самого? Люди? Строения? Кому пророчествовал Иесус? Куску земли?

Всё что Иисус делал или говорил затрагивает в первую очередь нас, людей живущих сегодня. Я считаю, что цель Иисуса Христа не состояла в немедленном наказании отвергнувших его проповеди галилеян, а в том, чтобы на их примере предупредить будущие поколения. Особенно то поколение, которое окажется свидетелем Его Пришествия в качестве Судьи мира:

Я свет пришел в мир, чтобы всякий верующий в Меня не оставался во тьме.
И если кто услышит Мои слова и не поверит, Я не сужу его, ибо Я пришел не судить мир, но спасти мир.
Отвергающий Меня и не принимающий слов Моих имеет судью себе: слово, которое Я говорил, оно будет судить его в последний день. — Евангелие от Иоанна, 12 гл

Упоминание Христом Содома, Гоморры, Тира и Сидона ставит Коразим, Бейтсаиду и Кафернаум в один ряд с ними. Ряд предостерегающих будущие поколения Судов Бога над нечестивыми людьми.

Теперь дальше. А почему собственно средневековье? Что происходило в 11-15 веке? А появились носители демократии с крестами на плащах. И толпы мессионеров. Вы не задумывались, что не пророчество сбылось, а его сбыли. Что люди просто побоялись жить в "проклятых" городах? Когда толпа народа с мечами была готова напомнить жителям города, что они "совершили" тысячу лет назад?

Мысль интересная, но без доказательств это не более чем очередная теория заговора. Достоверно известно. что

Хотя мусульмане (а также иудеи и восточные христиане) преследовались в некоторых городах и не имели права жить в Иерусалиме, в сельских районах они жили как и прежде.link

Городами, в которых преследовали евреев и мусульман были Вифлеем, Назарет, Иерусалим, т.е. священные для христиан города. Как вы себе представляете изгнание 10-20 тысяч человек: семейств рыбаков и крестьян с кучей маленьких детей? Их расселили где-то? Тогда такая масштабная операция сопровождалась бы административной перепиской, которая хотя бы частично но сохранилась бы. Их изгнали из страны? Но тогда об этом исключительном событии нам рассказали бы арабы. Их уничтожили? Но тогда где следы от пожарищ, которые неизбежно сопровождали бы массовые грабежи и убийства? Кроме того, учтите пожалуйста финансовый аспект подобных предприятий. Вы же не будете утверждать, что христианские правители Иерусалима позволили бы толпам вооружённых фанатиков шнырять по своему королевству? Учтите также неизбежный финансовый убыток в результате потери пригодной к использованию сельскохозяйственной территории и объектов инфраструктуры. Всё-таки в то время деньги считать уже умели...