Я так понимаю, что BVA важен именно COP?

Да, найти СОР было бы лучше всего.

Чисто теоретически, мог ли как-нибудь СОР (данные из СОР) деда попасть а ЗАГС Республики Марий Эл?

Это работает так: когда ребенок рождается, то его рождение регистрируется в ЗАГСе, там составляется актовая запись, и на ее основании выдается СОР, потом на основании этой актовой записи можно получить сколько угодно повторных СОР, но только в том ЗАГСе, где хранится запись. Если запись была утрачена, то дед при жизни мог восстановить эту актовую запись по месту жительства. Но это была бы уже не первичная запись о рождении, а восстановленная. Возможно, что дед так и сделал на основании решения суда:

По деду есть судебное решение, в котором его признают родившемся в с.Цебриково в 1928 году, но не указанны его родители.

А может и нет. Но если дед и восстановил актовую запись по тому решению суда (вероятней всего, искать ее надо по месту его жительства на тот момент), то вряд ли в ней указаны его родители, а Вам нужно именно, чтоб в актовой записи были указаны родители деда, тогда она бы подтверждала его происхождение от предков-немцев, которым было более 16 лет в июне 1941-го и, которые декларировали себя немцами в тот период, что подтверждается справками о репрессиях на них, которые Вы получили в Украине.

Попробуйте все же сделать запрос в Бундесархив, гражданство деда избавило бы Вас от необходимости доказывать происхождение от его родителей и искать СОР деда.