Итак вопрос: должен ли маклер организовать термин для передачи квартиры, т.е. юбегабепротоколл сделать, ключи передать? Если должен, то должен ли он лично присутствовать или только организовать?

Априори не должен. Маклер замещает продавца при передаче объекта/ключей, если продавец дал маклеру именно такой заказ. К примеру, если продавец живёт далеко или просто облом. А если такого заказа со стороны продавца не было, то не только не должен, но и ИМХО права на передачу объекта не имеет.

Второй вопрос: провизион маклеру когда платить? Я лично считаю, что посли передачи квартиры вместе с получением ключей. Маклер же написал мне, что это не входит в его обязанности и провизионн фэллиг уже после подписания договора у нотариуса.

Это тоже обычно изначально прописано, даже сразу в объявлениях, а так же в договоре купли/продажи (если маклерская часть туда внесена), что с подписанием договора провизион подлежит оплате.