Думаю, что гражданство Ваш ребенок тогда не получил, потому что не были предоставлены все необходимые документы (что такое "согласие консульства страны мужа"??). Следовательно, российского гражданства нет. Можете оформлять ему визу в немецкий паспорт.

Можно ли уточнить этот вопрос в консульстве как-то?

Нууууу.... для несовершеннолетних это, кажется, не так просто, но да, можно подать запрос на установление факта наличия/отсутствия российского гражданства. Ответ только будете ждать где-то полгода, нужно Вам это? Особенно учитывая, что с вероятностью почти 100% никакое гражданство ребенку оформлено не было из-за нехватки какой-то там бумаги?

Есть у ребенка на немецком СОР штампик консульства, что есть российское гражданство? (Такой обычно, хоть и не всегда, ставят...) Думаю, что нет на СОР такого штампика.

Так что повторю еще раз моё личное и, разумеется, ни к чему не обязывающее мнение: Вы можете смело во всех визовых анкетах писать, что у ребенка нет российского гражданства, и получать визу.