Проверка документов осуществляется на соответствие параграфу закона - в случае с NE и DA-EU она абсолютна идентична

Почему Вы так в этом уверены? Только лишь из-за того, что оба ВНЖ бессрочны и предпосылки для выдачи DA-EU и NE большей частью совпадают (да и то только в случае выдачи NE по §9 AufenthG)?

требования, которые должны быть соблюдены, прописаны в законе

Для выдачи DA-EU необходимо отсутствие налоговых долгов, что явно прописано в законе, в случае же NE это не проверяют. Это лишь один пример того, что процессы рассмотрения заявления на DA-EU и NE разнятся.

В данном же случае мы имеем один антраг на выдачу одного ВНЖ по двум параграфам (в случае с AE, скажем, с Вас же не берут госпошлину за указание в нём каждого параграфа, верно?

Нет. Если быть абсолютно чётким, то это два заявления на два ВНЖ. В случае ходатайствования типа "DA-EU, hilfsweise NE" вопрос ещё спорный (хотя и тут в случае, если предпосылки на первый ВНЖ не выполняются, речь идёт о двух заявлениях).