Вопрос 1: нужно ли прикладывать СОБ моей мамы, если она несколько лет спустя вышла замуж и теперь носит другую фамилию? Меня этот брак никак не касается -- меня не удочеряли и т.п.

Не нужно.

Вопрос 2: при заполнении антрага нужно указывать мамину актуальную фамилию или достаточно той, под которой она меня родила?

Пишите актуальную и гебуртснаме. Фамилия, под которой Вас родили, указана в Вашем СОР.

3. Справка о реабилитации на деда (1903 г.р.)

Не нужно.

Вопрос 3: поймут ли, что я хочу вести происхождение от деда? Не начнут запрашивать документы на бабушку? (Справка о реабилитации на нее тоже есть, но хотелось бы отправить только необходимый минимум документов. К слову, в актовой записи о рождении мамы бабушка тоже немка -- это тот случай, когда, видимо, "договаривались" с ЗАГСом, чтоб у ребенка в СОР был хотя бы один русский родитель.)

Если по минимуму, то хватит и документа, удостоверяющего получение гражданства дедом. На бабашку будут запрашивать только если дедушка чем-то не устроит, но я не вижу причин для этого.

Вопрос 4: без СОР на деда обойдусь?

Обойдетесь. И без СОР бабушки тоже.

5. Св-во о немецком гражданстве мое (выдано BVA).

Не нужно.