Мне надо опять ехать в Берлин и подаваться заново.

И Вы собираетесь это делать? И платить заново за подачу нового заявления? Я бы Вам советовал сперва написать главе миграционной службы Соколюку через фейсбук, изложить ситуацию, приложить переписку с консульством, если таковая имеется. Он часто помогает и если проблема действительно в ДМС, он может помочь разрулить.

А еще сказал - Вы уже как я понимаю позвонили не только нам, а и в Украину.

О, значит, смекалка работает, значит, не всё безнадёжно. Поэтому повторюсь: я бы на Вашем месте не подавал новое заявление, а путём привлечения к делу (вышестоящего) начальства соответствующих госучреждений добился бы решения вопроса по уже поданному заявлению.

Так что спасибо большое @dimafogodimafogo за имейл адреса

Пожалуйста

я так понимаю только поэтому моим вопросом начали заниматься.

Судя по всему, да.

Вчера получила ответ из миграционной службы по имейл, что у меня только один действующий загранпаспорт, как я и предполагала.

Значит, миграционную службу нет смысла больше нагружать. Пишите один мейл двум адресатам (cons_vpr@mfa.gov.ua и emb_de@mfa.gov.ua), прикладывайте ответ ДМС и требуйте того, чтобы они раззули глаза и выдали Вам загранпаспорт по тому заявлению, которое Вы уже подали.