как можно совместить "святые войны" во имя Христа,благословляемые Церковью, и преследования "инакомыслящих"с учением Церкви ( или учением Христа?) , в основе которого любовь к ближнему и непротивление злу?

Думаю одна из причин-церковь и государственная власть влияли друг на друга. Церковь всегда была инструментом политики у власть придержащих. И сейчас политики обращаются к церкви.

Церковь должна быть отделена от государства. Государство не должно вмешиваться в дела Церкви, а Церковь не должна добиваться признания,как государственной религии.

Это один из важнейших принципов всеобщей декларации прав человека. Без отделения церкви от государства, просто невозможно построить правовое и светское государство с приоритетом прав человека над религиозными догмами. Нормальное государство - светское государство, где равные права есть у всех религий, и это единственный способ избежать серьёзной конфронтации разных религий между собой.