Думала, что свидетельство о действующем браке и справка с места жительства в Германии смогут стать эквивалентом справки переселенца.

Нет, разный порядок регистрации. Статус переселенца нужен для финансовой государственной помощи, которая, как я понимаю, Вам не нужна.

одна часть говорит, что в Киеве можно сделать и без справки переселенца, если удастся "договориться". Что подразумевается "под договориться" - затрудняюсь ответить, вряд ли взятка. Может, аргументация? Справка с места жительства в Германии?

Это то, о чем я написала Вам - фиктивная прописка, причем необязательно в Киеве. Законом не ограничено право владельцев жилья прописывать у себя , кого хочешь и насколько хочешь. Единственная загвоздка - Ваш просроченный паспорт. Но это уже проблема посредников.

Другая часть говорит, что паспорт без справки не делают и направляют "по месту жительства".

Правильно говорят. Паспорт оформляется по месту прописки (стандарт).
В самом консульстве у Вас не принимают просроченный паспорт для оформления ПМЖ? Вы в консульство обращались?