да, фамилия одинаковая,

Это хорошо. Удобно.

А не возникнет вопросов откуда 2 гражданство? Если год назад его ещё не было.

Нет, не возникнет. Это никого не интересует. Российских пограничников интересует российское гражданство и, соответственно, действительный российский паспорт. Ну и чтобы фамилия в паспорте была у ребенка та же, что в СОР (чтобы они могли установить, что это его СОР). Ваша фамилия в ребенкином СОР такая, как в паспорте? Будет понятно без дополнительных бумаг, что Вы его мама?

Прошлый раз нас задержали на границе, спрашивали нет ли у нас 2 гражданства?

Где это было, в каком городе/аэропорту? Вообще-то не бывает такого. Или это были не пограничники, а сотрудники авиакомпании/аэропорта, которым захотелось со скуки языком почесать и свою значимость показать. Наличие других гражданств не дело российских пограничников. Даже если бы у ребенка других гражданств было еще 10 штук, для России он исключительно российский гражданин. Именно поэтому российским пограничникам (не путать с сотрудниками авиакомпании, таможенниками, службой безопасности аэропорта и.т.д.) надо показывать только российский паспорт.