Его,как я поняла на 10 лет осудили на спецпоселение там же,в Челябинске

Если я правильно поняла последний документ, то осужден прадед был только в 1949 году по 58-й статье, по ней обычно отправляли в ИТЛ, а не на спецпоселение.

А в январе 1943-го года он прибыл в 7-й стройотряд, где проработал до 15 июля 1943, после чего был переведен в оперативно-чекистский отдел, 24 июля возвращен и с 30 июля уже работал в оперотделе, возможно, просто шофером.

Возможно, поэтому его в октябре 1943-го из трудовой армии и демобилизовали.

Очень странно, что в архивной справке не указано про это осуждение в 1949 году и куда был направлен прадед после него. Про спецпоселение в справке о реабилитации тоже ничего нет, так что не совсем понятно в каком качестве Ваш прадед находился в Челябинске, как минимум, до 1949 года или до тех пор, пока не уехал в Караганду.

Он хотел из Челябинска вернуться в семью,но насколько мне известно (читала где-то),что немцам не разрешали вернуться на свои прежние места

Возвращаться запрещено было только выселенным немцам, Ваш прадед таким в 1943-м году точно не являлся. Только в 1948-м вышел Указ о том, что немцы выселены навечно:

В целях укрепления режима поселения для выселенных Верховным органом СССР в период Отечественной воины чеченцев, карачаевцев, ингушей, балкарцев, калмыков, немцев, крымских татар и др., а также в связи с тем, что во время их переселения не были определены сроки их высылки, установить, что переселение в. отдаленные районы Советского Союза указанных выше лиц проведено навечно, без права возврата их к прежним местам жительства.
http://www.memorial.krsk.ru/DOKUMENT/USSR/481126.htm

А есть мне смысл через суд установить юридический факт принадлежности к немецкому народу или что-то вроде того?
Имеют ли значение эти бумаги для БВА?

Никакого смысла нет, для BVA решения наших судов по фактам юридической принадлежности к немецкой национальности - филькина грамота и никак не помешает вынести отказ из-за двух поколений ненемцев между Вами и прадедом.

Ну,или отказ из ЗАГСА и суда

Это к происхождению не относится, все эти В1, отказы из суда, изменение/внесение национальности - это все предпосылки по Вашей декларации и по языку. А Вам надо что-то делать с тем, что у Вас два поколения ненемцев. Исправить это можно только если Ваш папа подаст антраг и получит АВ. Шансы у него будут хорошие, надо будет только декларацию изменить с русского на немец и сдать ШТ или один модуль "шпрехен" из В1. А потом уже Вы подадите свой антраг, доказав только родство с папой посредством своего СОР. Вот тогда Вам тоже потребуется и национальность в документах своих менять (СОБ, СОРы детей), либо прикладывать к антаргу В1 и отказ из суда о смене национальности. Но и в этом случае не надо устанавливать факт, имеющий юридическое значение, а просить только внести изменения в актовые записи о браке и рождении детей.