Обязательно ли, чтобы в СОРе у отца было указано, что его отец был немцем?

Обязательно. Иначе у BVA возникнут лишние неприятные вопросы.

Сам отец насколько понимаю записан там как русский, в моём СОРе - тоже русский.

Ваш отец не может быть записан в своём СОР с какой-то национальностью. В СОР указываются только национальности родителей.

То что он записан в вашем СОР русским на ваш антраг никак не повлияет.

Ещё момент: мы - муж и жена, имеем постоянную регистрацию в России но по факту около 3 лет проживаем вне страны (при этом ни длительной визы, ни ВНЖ нет - таков упрощенный режим въезда в третью страну), есть только отметки в загранпаспорте о пересечениях границы. Есть однако и банковский счёт + недвижимость в третьей стране. Каким образом это может влиять на решение?

Банковский счёт и недвижимость в третьей стране никак не влияют.

Постоянное проживание влияет, но в вашем случае у вас осталась постоянная регистрация, плюс нет никаких виз и ВНЖ, поэтому формально постоянное место жительства у вас РФ.

Просто не упоминайте в антраге что вы 3 года катаетесь непонятно где, да и всё.