официально ничего не влияет но есть практика

А практика, тем более, прказывает, что люди, получающие доплаты от ДЦ, без проблем пооучают карточки сразу на 5 лет.

до того как мы туда обратились карточку выдавали не по дату окончания контракта а по дату окончания паспорта а после того по дату окончания контракта

Потому чтот второй раз вы пришли с договором на полгода и тем самым дали им ВОЗМОЖНОСТь применить к вам данное положение закона.

Если бы первый раз паспорт не заканчивался, получили бы сразу на 5 лет.

А ЕСЛИ БЫ вы пришли к ним второй раз с НЕОГРАНИЧЕННЫм по времени трудовым договором, но при этом получая доплату в виде АЛг2, это бы ни в коем случае не могло стать причиной отказа жене в карточке на 5 лет.

других факторов я не вижу могу сканы выставить того что мне прислали

В письмах, что вам прислали, есть упоминание о получении АЛг2?

А вот упоминание о прекращении контракта есть

Вам же ясно написали, в чем дело:

Der Unionsbürger muss vielmehr auch glaubhaft machen können, dass er sich auch für einen längeren Zeitraum auf sein Freizügigkeitsrecht berufen kann. Zur Glaubhaftmachung kann die Ausländerbehörde vom Unionsbürger die Vorlage einer Einstellungsbestätigung oder einer Beschäftigungsbescheinigung des Arbeitgebers verlangen. Da Sie bei der Beantragung der Aufenthaltskarte für Ihre Ehefrau einen bis zum 30. September 2018 befristeten Arbeitsvertrag vorlegt haben, ist die zuständige Ausländerbehörde davon ausgegangen, dass die Aufenthaltsdauer nur bis zu diesem Zeitpunkt erfolgen wird bzw. für den weiteren Aufenthalt noch keine Glaubhaftmachung Ihres Freizügigkeitsrechts erfolgte. Da Ihre Ehefrau ihr Aufenthaltsrecht als Familienangehöriger eines Unionsbürger aus Ihrem Freizügigkeitsrecht ableitet, wurde die Aufenthaltskarte für Ihrer Ehefrau auch nur bis zum 30 September 2018 ausgestellt.

Вот нужно было обосновать, что ВАШ статус freizügigkeitsberechtigt после 1,5 лет работы в Германии никак не закончится 30.09.2018 года

И что вы не только 6 месяцев получения алг1 заработали в случае непродления договора после 30.09., но и неограниченное во времени право получения алг2 с СОхРАНЕНИЕМ своего статуса