Из того, с чем столкнулась я сама при поиске сведений о репрессиях на территории РСФСР и по опыту форумчан, могу сделать следующие выводы:

Выселение и спецучет в комендатуре курировал НКВД (сейчас МВД), так что эти архивные дела, как были в МВД, так там и остались, их в другие организации не передавали. Тут самое сложное найти именно тот ИЦ МВД, в котором хранится архивное дело Ваших предков, а оно может быть, как по месту применения репрессий (как правило, в последнем на момент амнистии если их было несколько), так и по месту жительства до репрессий.

ФСБ это бывший КГБ (НКГБ), там надо искать дела тех немцев, что во время войны оказались в Германии, а по возвращении в СССР прошли через фильтрационные лагеря. Сейчас эти дела переданы в госархивы (областные и ГАРФ).

Т.к. трудовая армия не считалась репрессий, то НКВД на "свободных" трудоармейцев архивные дела не заводил. Обычно, это были такие немцы, которые никуда не выселялись и на спецучете в комендатуре с первых месяцев войны не состояли, хотя позже (~1948 г., т.е. уже после трудовой армии) их тоже могли взять на спецучет, но уже по месту жительства.

Сведения о нахождении в трудовой армии могут быть в военкоматах по месту мобилизации или в госархивах по месту "службы" (работы).

Если же мобилизованные в трудовую армию немцы находились еще и на спецучете в комендатуре (как правило, выселенные немцы), тогда их дела должны быть в архивах МВД (НКВД).

Если же предки были осуждены по уголовной статье, например, по ст. 58 УК РСФСР, то их архивные дела следует искать в Прокуратуре той области, где они были осуждены и где отбывали наказание. Но такие репрессии не являются по национальному признаку.