Не очень понятно, что значит позиция PhD. У Вас уже есть степень и Вы едете работать постдоком? В этом случае Ваша зарплата будут удовлетворять и критериям голубой карты и критериям параграфа 18. TVL13 даже на первой ступени зарплатной сетки составляет 45900 брутто в год. Это больше, чем граница для ученых, программистов и представителей дефицитных специальностей (в этом году 40560 евро).

Если Вы едете учиться в аспирантуре, то тут зарплата может быть меньше (например 2/3 или 3/4 полной ставки). На блюкард не прокатит. У нас иностранные аспиранты имеют или студенческий 16 параграф или 18 параграф.

Для получения национальной визы для въезда в Германию обычно достаточно официального письма профессора, который приглашает на работу. Ни разу не слышал, чтобы университеты делали рабочий контракт удаленно. Обычно все делается уже на месте в Германии. Чаще всего университет, чтобы подписать рабочий контракт, требует наличия вида на жительство или согласия АБХ на выдачу его. Только тогда подписывается рабочий контракт. АБХ, в свою очередь, хочет видеть котракт и на его основании выдать ВНЖ. Получется замкнутый круг. Чтобы разовать его надо еще одно письмо профессора, в этот раз адресованное АБХ, в котором он снова письменно гарантирует Вам рабочее место при условии, что АБХ выдаст Вам вид на жительство.

Есть также города где АБХ сотрудничает более плотно с университетами, и там все проходит проще. В университете может быть т.н. Welcome Center они тоже могут помочь. Обычно у них есть контакты в АБХ.

По вашему вопросу я понимаю, что "подтверждение договоренности с принимающей стороной" это и есть то самое письмо от профессора.