Мой прадед немец родился в Германии, приехал в Украину и жил в немецкой колонии вроде это так называется.

Как правило, это означает, что Ваши предки переселись в Россию еще 18 веке из различных немецких княжеств, следовательно, в Германии прадед родиться не мог и гражданства у него, соответственно, не было.

Больше о нем никакой информации нет !

Как тогда доказывать, что прадед был немцем?

Дед родился в 1912 году, и в его СОР написано что он украинец.

В 1912 году еще не было СОРов, но даже когда они появились (первые в 1918 году), то национальность стала указываться в СОР лишь после 1946 года и то, не самого ребенка, а его родителей. С 1926 года национальность родителей указывалась в актовых записях о рождении. Кто записан украинцем в СОРе Вашего деда и в каком году этот СОР выдан?

В то время боялись давать немецкую национальность.

В 1912 году в царской России никто не придавал никакого значения национальностям. Деление людей по национальности - это веяние большевиков, да и то не сразу они до этого додумались, а уж преследовать немцев по национальному признаку стали и того позже, спустя почти 30 лет после рождения Вашего деда, после начала ВОВ.

Известно ещё что прадед умер во время второй мировой.

В таком случае, он не выполняет одну из предпосылок BVFG: он не проживал в СССР на 8 мая 1945 и позже.

А дед был репрессирован в СИЗО.

Вряд ли это было как-то связано с его национальностью, тем более, что он не был немцем. Да и не сажали немцев в СИЗО из-за национальности. Их выселяли в Сибирь и Казахстан пожизненно, ставили на спецучет в комендатуре и отправляли на работу в трудовую армию.

Я 1995 года рождение, ещё есть сестра 1975 года рождение есть ли у нас хоть какие-то шансы стать поздним переселенцем

Сестра Ваша могла бы подать антраг (по возрасту подходит), но шансов очень и очень мало, если не сказать, что их вообще нет, особенно, учитывая все вышесказанное и недавнее решение суда, после которого всем, кто ведете происхождение от прародителей, отказывают если между прародителем и заявителем было два поколения ненемцев, как в Вашем случае.